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Título: Estudo genômico de dois isolados de Potyvirus e Carlavirus e purificação de proteínas envolvidas na formação de túbulos de movimento por um Comovirus
Autor(es): Geraldino, Priscilla de Sousa
Orientador: Figueira, Antônia dos Reis
Membro da banca: Campos, Vicente
Carvalho, Claudine Márcia
Alves, Eduardo
Cardoso, Patrícia Gomes
Assunto: Virus S da batata
Potato virus S
Vírus fitopatogênico
Vírus de plantas
Plant viruses
Soybean yellow shoot virus (SYSV)
Data de Defesa: 24-Fev-2012
Data de publicação: 2013
Agência de Fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPQ)
Referência: GERALDINO, P. de S. Estudo genômico de dois isolados de Potyvirus e Carlavirus e purificação de proteínas envolvidas na formação de túbulos de movimento por um Comovirus. 2012. 108 p. Tese (Doutorado em Fitopatologia) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2012.
Resumo: Viroses de plantas podem causar perdas consideráveis em diversas culturas e são consideradas um dos maiores desafios na produção em larga escala em diversos países, incluindo o Brasil. Neste trabalho foram estudados dois vírus, o Potato virus S (PVS) e o Soybean yellow shoot virus (SYMV). Adicionalmente, também foi estudado o mecanismo de movimentação do Cowpea mosaic virus (CPMV), utilizado-se protoplastos de caupi (Vigna unguiculata). No estudo do PVS, a estirpe andina denominada BB-AND foi completamente sequenciada e analisada. A comparação entre BB-AND e isolados das estirpes comum e andina de PVS mostrou que o BB-AND é diferente, tendo a menor similaridade de aminoácidos sido com a ORF1 (82%) e ORF6 (87%), quando o único isolado de PVS andino do banco de dados foi utilizado na comparação das sequências. A análise de recombinação mostrou que o isolado alemão Vltava (AJ863510) é um recombinante entre a estirpe andina e a comum de PVS, sendo o evento de recombinação entre os nucleotídeos 6125 e 8324. No estudo do SYMV, a região 3’do genoma, incluindo a cauda poli A, 3’UTR, capa proteica e parte das regiões NIb e CI, foi sequenciada e analisada. As sequências de nucleotídeos e aminoácidos revelam que o SYSV é um membro distinto do gênero Potyvirus e apresentara uma similaridade de aminoácidos de 44% a 47%, entre a região CI e 29% a 32%, entre região 3’ e os demais Potyvirus. A análise filogenética mostrou que o SYMV não permanece no mesmo clado que os demais Potyvirus empregados na análise. Quando apenas sequência parcial da NIb foi analisada, o SYSV permaneceu no mesmo clado que o Glycine virus Y, um Potyvirus descrito na Austrália. A análise do genoma do SYMV deixa clara sua singularidade, indicando ser esse uma espécie de Potyvirus diferente de qualquer outra já descrita no Brasil e no mundo. No estudo do envolvimento de proteínas da membrana plasmática do hospedeiro no movimento célula-a-célula do CPMV, as estruturas de movimento (túbulos) foram purificadas e analisadas em espectrômetro de massa. Além das proteínas virais, 19 proteínas do hospedeiro foram identificadas e caracterizadas como pertencentes a 11 grupos diferentes de proteínas conservadas. A identificação destas novas proteínas pode ajudar no entendimento do processo de transporte viral, ainda pouco conhecido para a maioria das famílias virais.
Plant viruses cause considerable losses in several crops and are considered one of the biggest challenges in large-scale production in all countries. In this work we described two viruses isolate, Potato virus S (PVS) and Soybean yellow shoot virus (SYMV). In addition, in this work was studied the movement mechanism of Cowpea mosaic virus (CPMV) using cowpea protoplasts (Vigna unguiculata). For the PVS analysis, the Andean strain called BB-DNA was completely sequenced and analyzed. The comparison among BB-AND and other Andean and common PVS isolates showed that the genome of this isolate is quite distinct. The lowest amino acid identity with the only other fully sequenced Andean isolate was in ORF 1 (82%) and ORF 6 (87%), which code for RdRp and 11K, respectively. Recombination analysis, including ordinary and Andean isolates, was also performed and showed that the isolate Vltava (AJ863510), from Germany, is a recombinant between PVSO and PVSA isolates, with the recombination event located between the nucleotides 6125 and 8324. In the study of SYMV, the 3'end of the genome was sequenced and analyzed and corresponds to the poly A tail, 3'UTR, coat protein and part of the NIb and CI regions. The nucleotide and amino acid sequences reveal that the SYMV is new member of the genus Potyvirus and showed an identity of amino acids ranging from 44 to 47% CI and from 29 to 32% between the 3'end of other Potyvirus from Gen BanK. Phylogenetic analysis showed that the SYMV did not remain in the same clade as other Potyvirus employed in the analysis. When only the partial NIb sequence was analyzed, the SYSV remained in the same clade Glycine virus Y, a potyvirus described in Australia. To study the involvement of host plasma membrane proteins the virus cell to cell movement, the movement structures (tubules) of CPMV were purified and analyzed in a mass spectrometer. In addition to viral proteins, 19 protein from the host were identified and characterized as belonging to 11 different groups of conserved proteins. The identification of these new proteins may help the understanding of the viral movement process.
Informações adicionais: Tese apresentada à Universidade Federal de Lavras como parte das exigências do Programa de Pós- Graduação em Agronomia/Fitopatologia para a obtenção do título de Doutor.
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/1040
Publicador: UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS
Idioma: pt_BR
Aparece nas coleções: DFP - Agronomia/Fitopatologia - Doutorado (Teses)

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