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Please use this identifier to cite or link to this item: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/10656

Title: Citogenética de espécies de Brachiaria: contribuições para a construção de mapas físicos
Other Titles: Cytogenetics of Brachiaria species: contributions toward the development of physical maps
???metadata.dc.creator???: Nani, Thaís Furtado
???metadata.dc.creator.Lattes???: http://lattes.cnpq.br/9905418338427885
???metadata.dc.contributor.advisor1???: Techio, Vânia Helena
???metadata.dc.contributor.advisor-co1???: Souza Sobrinho, Fausto
???metadata.dc.contributor.referee1???: Davide, Lisete Chamma
???metadata.dc.contributor.referee2???: Vieira, Larissa Fonseca Andrade
???metadata.dc.contributor.referee3???: Pereira, Welison Andrade
???metadata.dc.contributor.referee4???: Viccini, Lyderson Facio
Keywords: Forrageira
FISH
Cariograma
Idiograma
Variação intraespecífica
Forage
Karyotype
Idiograms
Intraspecific variation
???metadata.dc.date.submitted???: 18-Sep-2015
Issue Date: 7-Dec-2015
???metadata.dc.description.sponsorship???: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Citation: NANI, T. F. Citogenética de espécies de Brachiaria: Contribuições para a construção de mapas físicos. 2015. 124 p. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2015.
???metadata.dc.description.resumo???: Brachiaria spp. (Poaceae) agrega espécies de interesse forrageiro. Análises citogenéticas mostram diferentes níveis de ploidia e variabilidade intraespecífica para a morfologia cromossômica e para o número de sítios de DNAr. Sequências de DNA repetitivo têm sido amplamente utilizadas em análises citogenéticas, contudo o uso de sequências de genes de cópia única/ baixo número de cópias é pouco explorado, provavelmente pelo fato de o gênero não possuir espécie modelo de genoma sequenciado. O estudo das sequências que compõem o centrômero em cromossomos de Brachiaria spp., assim como detalhamento do cariótipo com localização de sequências específicas em Brachiaria decumbens são inexistentes. Em outras espécies do gênero as informações por vezes são divergentes. Nesse sentido, este trabalho teve como objetivo contribuir para a construção de mapas físicos dos cromossomos de Brachiaria brizantha, B. decumbens e Brachiaria ruziziensis com a localização de sequências repetitivas de DNAr 5S e 45S, Retrotransposons Centroméricos (CR), além de bandas CMA/DAPI. Genes de cópia única/baixo número de cópias também foram localizadas nos pares cromossômicos utilizando-se dados de RNAseq e de sequenciamento de Setaria italica e Sorghum bicolor por meio da técnica de FISH. A avaliação da atividade transcricional das Regiões Organizadoras de Nucléolo (RONs) foi também avaliada. Com o detalhamento do cariograma das três espécies foi possível a identificação de pares cromossômicos, incluindo a observação de pares heteromórficos, além de diferenças intra e interespecíficas quanto ao número e tamanho dos sítios de DNA ribossomais. O cariótipo das espécies avaliadas foi considerado simétrico. A atividade transcricional das RONs é variável e foram detectados um ou dois nucléolos heteromórficos. Alguns dos genes de cópia única/baixo número de cópias estavam em sintenia com sítios de genes ribossomais, o que foi fundamental para a identificação dos pares cromossômicos portadores de alguns dos referidos genes. Em Brachiaria spp., foram observados alguns cromossomos com segmentos de estrutura conservada. Possíveis quebras cromossômicas fizeram parte do processo de diversificação das espécies no gênero. O uso de dados de sequenciamento genômico foi de fundamental importância para o enriquecimento de análises citogenéticas.
Abstract: Brachiaria spp. (Poaceae) are forage species. Cytogenetic analyses exhibit different ploidy levels and intra-specific variability related to chromosome morphology, and to the number and position of rDNA sites. Repetitive DNA sequences have been widely used in cytogenetic analyses, however the use of single copy genes or low copy number sequences is poorly explored, likely because no Brachiaria genome has been sequenced. Studies of centromeric sequences in Brachiaria spp. chromosomes, as well as karyotypes detailing the location of specific sequences in Brachiaria decumbens are nonexistent. Regarding other species of the genus, data are sometimes conflicting. Therefore, this study aims to characterize the karyotype of Brachiaria brizantha, Brachiaria decumbens and Brachiaria ruziziensis with the location of repetitive sequences of 5S and 45S rDNA, Centromeric Retrotransposons (CR), CMA/DAPI bands, and single copy genes/low copy number sequences in the chromosome pairs. Useful loci were obtained from RNAseq and sequencing data of Setaria italica and Sorghum bicolor, and the useful loci were used in FISH, and also to assess the transcriptional activity of the nucleolar organizing regions (NORs) in Brachiaria species. Karyograms were detailed, heteromorphic chromosome pairs were identified, and intraspecific and interspecific differences in the number and size of ribosomal DNA sites were detected. The karyograms of the three analyzed species are considered to be symmetric. The transcriptional activity of NORs is variable, and one or two heteromorphic nucleoli were detected. Some of the single copy gene/low copy number sequences are in synteny with ribosomal genes sites, which is important to identify some chromosomes. In Brachiaria spp., conserved structure of chromosomes segments is observed. Possible chromosomal breaks that took place during the species diversification process in the genus are identified. The use of genomic sequencing data had great importance for the enrichment of cytogenetic analyses.
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/10656
Publisher: Universidade Federal de Lavras
???metadata.dc.language???: por
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