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Título: Diversidade genetica e estrutura populacional de Elaeis oleifera por meio de DArTSeq
Título Alternativo: Genetic diversity and population structure of Elaeis oleifera DArTSeq in media
Autor(es): Pereira, Valquiria Martins
Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4269138Y0
Orientador: Souza Junior, Manoel Teixeira
Coorientador: Alves, Alexandre Alonso
Coorientador: Formighieri, Eduardo Fernandes
Membro da banca: Camillo, Julceia
Membro da banca: Formighieri, Eduardo Fernandes
Membro da banca: Alves, Alexandre Alonso
Membro da banca: Moretzsohn, Márcio de Carvalho
Assunto: Palma de óleo
E. oleifera
Diversidade genética
PAVs
SNPs
DArTSeq
Oil Palm
Genetic diversity
Data de Defesa: 27-Fev-2015
Data de publicação: 9-Dez-2015
Agência de Fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Referência: PEREIRA, V. M. Diversidade genética e estrutura populacional de Elaeis oleifera por meio de DArTSeq. 2015. 128 p. Tese (Doutorado em Biotecnologia Vegetal)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2015.
Resumo: O objetivo deste estudo foi caracterizar a estrutura genética de 19 populações nativas de Elaeis oleifera (caiaué) e avaliar a diversidade genética entre subamostras que compõem o Banco Ativo de Germoplasma (BAG) da Embrapa, por meio de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) e PAVs (Presence/Absence Variants). Um total de 552 plantas mantidas pela Embrapa foi utilizado para extração de DNA utilizando o protocolo CTAB. A genotipagem foi realizada em plataforma DArTSeq. A filtragem dos marcadores foi realizada com base em parâmetros de Call Rate (>0,90) e MAF (>0,05). Após estas análises, o número de marcadores SNPs foi reduzido a 1.667, e acrescentando-se o parâmetro de Q-value (> 2) o número de PAVs, foi reduzido a 3.187. Foram realizadas análises de diversidade genética para verificar a relação entre subamostras de E. oleifera com marcadores PAVs, assim como também para caracterizar a estruturação populacional por meio de marcadores SNPs. Verificou-se a existência de moderada diversidade genética entre subamostras/populações nativas de E. oleifera (0,301), podendo ser observada a relação genética inter e intra-populacional. As subamostras mais relacionadas entre si são (Autazes e Careiro) e as mais distantes geneticamente são (BR 174 e Tonantins). O índice F, que mede o coeficiente de endogamia, foi relativamente baixo para todas as subpopulações (0,073 em média). Por outro lado, a heterozigosidade observada (Ho) foi moderada (0,185 em média), o que pode ser um indicativo de que as subpopulações se reproduzem principalmente por meio de cruzamentos entre indivíduos não aparentados. O índice FST foi, no entanto, elevado (0,315 em média), o que demonstra a existência de estruturação, ou a diferenciação genética entre as subpopulações E. oleifera. Análise da estrutura de fato revelou a existência de 02 a 03 maiores aglomerados e a AMOVA indicou que apenas 54% da variância molecular ocorrem dentro das populações. Por conseguinte, para a conservação ex situ, as coleções devem incluir como muitos sites que possível. Esses resultados reforçam ainda a hipótese que a Amazônia Brasileira deve ser um centro de diversificação secundário da espécie. A existência de variabilidade genética moderada entre e dentro de populações de Elaeis oleifera, indica possibilidade de exploração comercial da espécie. Para fins de melhoramento, diferentes subamostras/subpopulações devem ser testadas em cruzamentos a fim de maximizar a diversidade na população base.
Abstract: The objective of this study was to characterize the genetic structure of 19 native populations of Elaeis oleifera (caiaué) and assess the genetic diversity among samples that make up the Active Germplasm Bank (BAG) of Embrapa, through SNP (Single Nucleotide Polymorphism) and PAVs (Presence/Absence Variants) markers. A total of 552 plants maintained by Embrapa was used for DNA extraction using the CTAB protocol. Genotyping was performed on DArTSeq platform. The filtering of the markers was performed based on Call Rate (> 0.90), and MAF (> 0.05). After these analyzes, the number of SNP markers was reduced to 1,667, and after adding the Q-value parameter (> 2) the number of PAVs, was reduced to 3.187. Genetic diversity analyzes were performed to verify the relationship between E. oleifera subsamples with PAVs markers, as well as to characterize the population structure by means of SNPs markers. We verified the existence of moderate genetic diversity among samples/native populations of E. oleifera (0,301) while also observing the existence of inter and intra-population genetic relationship. The subsamples which are more related to each other are (Autazes and Careiro) and the most distant genetically are (BR 174 and Tonantins). The F index, which measures the inbreeding coefficient, was relatively low for all subpopulations (0.073 on average). Conversely, the observed heterozygosity (Ho) was moderate (0.185 on average) which may be indicative that the subpopulations reproduce mainly by crosses between unrelated individuals. The FST index was, however, high (0.315 on average), demonstrating the existence of structuration, or genetic differentiation among the E. oleifera subpopulations. Structure analysis indeed revealed the existence of 02 to 03 major clusters and the AMOVA indicated that only 54% of the molecular variance occurs within populations. Consequently, for ex situ conservation, the collections should include as many sites as possible. These results further support the hypothesis that the Brazilian Amazon should be a secondary center of diversification of species. The existence of moderate genetic variability among and within populations of Elaeis oleifera, points for commercial exploitation of the species. For breeding, different subsamples/subpopulations should be tested in crosses to maximize diversity.
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/10675
Publicador: Universidade Federal de Lavras
Idioma: por
Aparece nas coleções: PPBV - Biotecnologia Vegetal - Doutorado (Teses)

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