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Título: Diversidade de espécies de Clonostachys no Brasil
Título Alternativo: Diversity of Clonostachys species in Brazil
Autor(es): Moreira, Gláucia Mara
Orientador: Pfenning, Ludwig Heinrich
Coorientador: Abreu, Lucas Magalhães de
Coorientador: Schroers, Hans-Josef
Membro da banca: Abreu, Lucas Magalhães de
Membro da banca: Cardoso, Patrícia Gomes
Membro da banca: Batista, Luís Roberto
Membro da banca: Medeiros, Flávio Henrique Vasconcelos de
Assunto: Bionectria
Bionectriaceae
Concordância genealógica
Filogenia molecular
Hypocreales
Genealogical concordance
Molecular phylogeny
Hypocreales
Data de Defesa: 19-Fev-2016
Data de publicação: 29-Fev-2016
Agência de Fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Referência: MOREIRA, G. M. Diversidade de espécies de Clonostachys no Brasil. 2016. 83 p. Tese (Doutorado em Microbiologia Agrícola)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2016.
Resumo: O objetivo desse trabalho foi delimitar espécies filogenéticas de uma coleção de 106 isolados de Clonostachys oriundos de diferentes substratos e biomas do Brasil utilizando filogenia molecular multilocus, realizar a caracterização fenotípica dos isolados e descrever novas espécies. Os fungos foram cultivados em MEA e incubados a 10, 15, 20, 25, 30 e 35 ºC para avaliação do crescimento durante sete dias. Os isolados foram avaliados quanto à coloração da colônia após sete dias de crescimento em BDA e quanto às suas características micromorfológicas em OA e SNA contendo fragmentos de folha de cravo. Para todos os isolados foi sequenciado um fragmento de DNA do gene ATP citrato liase (acl1). Representantes de cada linhagem filogenética identificada foram selecionados para obtenção de sequências de fragmentos de DNA dos genes da maior subunidade da RNA polimerase II (rpb1), fator de elongação 1-α (tef1) e beta tubulina (tub). Foram obtidas árvores filogenéticas pelos métodos de inferência Bayesiana (BI) e máxima verossimilhança (ML) para cada região separadamente e para sequências combinadas. A filogenia utilizando sequências combinadas das quatro regiões gênicas para 54 isolados do subgênero Bionectria confirmaram a identificação de C. chloroleuca sp. nov. e das espécies conhecidas C. byssicola, C. rosea, C. rhizophaga, C. pseudochroleuca e C. rogersoniana, que formaram grupos monofiléticos com alto suporte estatístico. Os 13 isolados de C. pseudochroleuca se distribuíram em três subclados, sendo um dos clados representado por um morfotipo, que se diferencia dos demais. Na filogenia preliminar com sequências do gene acl1 de 52 isolados, dois clados distintos se formaram dentro do subgênero Bionectria compostos por isolados com marcadores morfológicos semelhantes àqueles de C. compactiuscula, denominados C. cf. compactiuscula. Sequências de referência de C. compactiuscula foram incluídas nas análises filogenéticas do gene tub. As duas linhagens nomeadas C. cf. compactiuscula não se agruparam com sequências desta espécie, representando prováveis novas espécies. Foram observados também representantes dos subgêneros Zebrinella e Epiphloea. Árvores combinadas dos genes acl1-tef1-tub foram obtidas pelos métodos BI e ML, assim como árvores individuais para cada região gênica, confirmando a identificação da nova espécie Clonostachys sp. 2, inserida no subgênero Epiphloea, juntamente com a espécie já conhecida C. candelabrum. Clonostachys sp. 3 representa uma linhagem distinta no subgênero Zebrinella. Os resultados indicam que há grande diversidade de Clonostachys no Brasil, com alto potencial para a descoberta de novas espécies ou espécies ainda pouco estudadas.
Abstract: The objective of this work was to delineate phylogenetic species from a collection of 106 strains of Clonostachys isolated from different substrates and biomes in Brazil based on multilocus DNA sequence analyses, to determine morphological markers, and describe new species. The fungi were cultivated on MEA and incubated at 10, 15, 20, 25, 30, and 35 ºC during seven days for evaluating growth rate. Pigmentation of the colony was evaluated after seven days on PDA and the micromorphological characters on OA and SNA with fragments of carnation leaves. A DNA fragment of ATP citrate lyase gene (acl1) was sequenced for all strains. Representatives of each identified phylogenetic lineage were selected to obtain DNA sequences of the genes largest subunit of RNA polymerase II (rpb1), translation elongation factor 1-α (tef1), and beta tubulin (tub). Phylogenetic trees were obtained by Bayesian inference (BI) and maximum likelihood (ML) for each gene region and also for concatenated sequences. The phylogeny of concatenated sequences for the four loci using 54 strains of subgenus Bionectria confirmed the identification of C. chloroleuca sp. nov. and the known species C. byssicola, C. rosea, C. rhizophaga, C. pseudochroleuca, and C. rogersoniana, which formed monophyletic groups with high statistical support. The 13 strains of C. pseudochroleuca formed three subclades, being one represented by a morphotype which differs from the other strains. In the preliminary phylogeny of the 52 strains based on acl1 gene two distinct clades were observed within the subgenus Bionectria, with strains morphologically similar to C. compactiuscula, named as C. cf. compactiuscula. Reference sequences of C. compactiuscula were included in the phylogeny of tub gene. The two lineages denominated C. cf. compactiuscula did not group with sequences of this species, representing a putative new species. Representatives of subgenera Zebrinella and Epiphloea were observed. Combined trees of genes acl1-tef1-tub were obtained by BI and ML methods, as well as individual trees for each region gene, confirming the identification of new species Clonostachys sp. 2, inserted in subgenus Epiphloea, together with the known species C. candelabrum. Clonostachys sp. 3 represented a disctinct lineage in the subgenus Zebrinella. The results showed that there is large diversity of Clonostachys in Brazil, with high potential for the discovery of new species or species poorly studied.
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/10860
Publicador: Universidade Federal de Lavras
Idioma: por
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