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Title: Desenvolvimento e otimização de protocolos de PCR em tempo real para o diagnóstico de patógenos emergentes para a aquicultura nacional
Other Titles: Development and optimization of real-time PCR protocols for the diagnosis of emerging pathogens for Brazilian aquaculture
???metadata.dc.creator???: Leal, Carlos Augusto Gomes
???metadata.dc.contributor.advisor1???: Figueiredo, Henrique César Pereira
???metadata.dc.contributor.advisor-co???: Mian, Gláucia Frasnelli
???metadata.dc.contributor.referee1???: Leite, Rômulo Cerqueira
Paiva, Luciano Vilela
Andrade, Thales Passos
???metadata.dc.description.concentration???: Sanidade de Animais Aquáticos
Keywords: Aquicultura
Doenças transmissíveis - Diagnóstico
Reação em cadeia de polimerase
Aquaculture
Diagnosis
Communicable diseases
Polymerase chain reaction
PCr em tempo real
???metadata.dc.date.submitted???: 16-Dec-2011
Issue Date: 2014
Citation: LEAL, C. A. G. Desenvolvimento e otimização de protocolos de PCR em tempo real para o diagnóstico de patógenos emergentes para a aquicultura nacional. 2011. 92 p. Tese (Doutorado em Ciências Veterinárias) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2011.
???metadata.dc.description.resumo???: A ocorrência de surtos de doenças infecciosas tem se caracterizado como um dos principais entraves para a aquicultura nacional. Dentre os patógenos emergentes destacam-se os vírus WSSV e IHHNV, para carcinicultura e as bactérias do gênero Streptococcus, para tilapicultura. O diagnóstico rápido, acurado e sensível desses agentes é fundamental para os programas de controle, sendo a PCR em tempo real (qPCR) uma técnica que satisfaz essas premissas. O presente projeto foi realizado com os objetivos de: padronizar e otimizar protocolos qPCR com sondas de hidrólise, contendo "quencher" não fluorescente, para a detecção dos vírus WSSV e IHHNV; desenvolver uma qPCR duplex para a detecção de casos de coinfecção pelos vírus WSSV e IHHNV em camarão cultivado (Litopenaeus vannamei) e desenvolver uma qPCR duplex para o diagnóstico de Streptococcus agalactiae e Streptococcus dysgalactiae patogênicos para tilápia-do-nilo (Oreochromis niloticus). As sondas de hidrólise contendo "quencher" não fluorescente aumentaram significativamente a sensibilidade clínica da qPCR para o diagnóstico de WSSV. O diagnóstico de casos de coinfecção pelos vírus WSSV e IHHNV foi realizado com sucesso com o uso da qPCR duplex. A qPCR duplex desenvolvida para o diagnóstico de Streptococcus agalactiae e Streptococcus dysgalactiae apresentou maior sensibilidade clínica que métodos microbiológicos e PCR. O uso da qPCR mostrou-se viável e com resultados superiores aos das demais técnicas utilizadas. As reações descritas no presente trabalho são uma alternativa valiosa para o diagnóstico de patógenos emergentes para a aquicultura nacional.
Outbreaks of infectious diseases are one of the main problems for national aquaculture development. The WSSV and IHHNV viruses, and streptococcal agents have been considered emergent pathogens for Brazilian shrimp, and tilapia farming, respectively. Fast, accurate and sensible diagnostic tools are fundamental for the control of diseases and biosecurity programs. The real-time PCR is a technology which has those characteristics, being an alternative. The aims of this project were: to standard and optimize qPCR assays with hydrolyze probes, containing non fluorescent quencher, for detection of WSSV and IHHNV; to develop a duplex qPCR to detect co-infection cases of WSSV and IHHNV in cultivated whiteleg shrimp (Litopenaeus vannamei); and to develop a duplex qPCR to diagnose Streptococcus agalactiae and Streptococcus dysgalactiae infections in Nile tilapia (Oreochromis niloticus). The use of non fluorescent quenched probe improved significantly the clinical sensitivity of qPCR for WSSV detection. WSSV and IHHNV co-infection cases were successfully diagnosed with the duplex qPCR standardized. The developed duplex qPCR for S. agalactiae and S. dysgalactiae diagnosis presented higher clinical sensitivity than bacteriological assay and PCR. qPCR showed superior performances than other methods used to diagnose those pathogens. The qPCR assays described in the present work showed to be valuable alternatives to diagnose the emergent pathogens for Brazilian aquaculture.
Description: Tese apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias, área de concentração em Sanidade de Animais Aquáticos, para obtenção do título de Doutor.
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/1594
Publisher: UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS
???metadata.dc.language???: pt_BR
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