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Título: Detecção e caracterização molecular de isolados de Banana streak virus do Brasil
Autor : Alves, Patrick Callegari Magnani Santos
Primeiro orientador: Figueira, Antônia dos Reis
Primeiro membro da banca: Medeiros, Flávio Henrique Vasconcelos de
Costa, Suellen Bárbara Ferreira Galvino
Área de concentração: Biotecnologia Vegetal
Palavras-chave: Streak virus – Diagnose
Fitopatologia
Biotecnologia
Data da publicação: 2014
Agência(s) de fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes)
Referência: ALVES, P. C. M. S. Detecção e caracterização molecular de isolados de Banana streak virus do Brasil. 74 p. 2013. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2013.
Resumo: O diagnóstico eficiente do Banana streak virus (BSV) é um grande desafio, devido a duas principais limitações: a alta diversidade desse vírus em todos os países onde ocorre, tornando ineficiente a sua detecção por testes sorológicos, pois podem gerar resultados falsos negativos e também a sua capacidade de se integrar no genoma da bananeira, de modo completo ou incompleto, o que, por sua vez, gera resultados falsos positivos quando se empregam técnicas moleculares. Esse trabalho teve como objetivo testar a eficiência da técnica denominada “Rolling circle amplification” (RCA), para a diagnose do BSV em bananeira sem a ocorrência de falsos positivos. Foram também coletados isolados desse vírus em diferentes regiões do país, para determinação da sua identidade em comparação com isolados já descritos em outras partes do mundo, com base na análise molecular do gene da RT/RNaseH e digestão com enzimas de restrição. Foram analisadas 41 amostras de bananeira com suspeita de infecção, provenientes de 6 estados do Brasil, e estas foram submetidas aos testes PCR e RCA. Entre as amostras positivas foram escolhidos 11 isolados para sequenciamento. Todas as amostras coletadas foram PCR positivas, entretanto, quando analisadas por RCA apenas 31 foram positivas, mostrando que, se analisadas apenas por PCR, 10 delas teriam gerado resultados falsos positivos. Os fragmentos genômicos de 540 pb, localizados no gene da RT/RNaseH, dos onze isolados sequenciados mostraram uma identidade de nucleotídeos que variou entre 65 a 99% entre eles, e de 42 a 99% com os isolados do GenBank, pertencentes às diferentes espécies já descritas, que foram empregadas para comparação. Com base nessas identidades, quatro dos isolados, foram classificados como Banana streak uganda C virus (BSUgCV), dois, como Banana streak obinoI'Ewai vírus (BSOLV) e um como Banana streak Mysore vírus (BSMyV). Três outros isolados não se classificaram em nenhuma das espécies já descritas, os denominados: PR-CAT1 e o SE-PAN1, que apresentaram identidade entre si de 92%, devendo, portanto, ser de uma mesma espécie, e o CE-PRCA1, que se mostrou completamente diferente de todos os isolados brasileiros e do GenBAnk. Tentativas de se empregar enzimas de restrição para caracterização das espécies não foram bem sucedidas, necessitando de pesquisas adicionais. Os dados apontam para a necessidade de se aprofundar os estudos com os agentes causais do vírus da estria da bananeira no Brasil, devido a grande variabilidade e complexidade genômica dos isolados presentes no país. Nesse trabalho foram caracterizadas pela primeira vez, com base em análises genômicas, algumas das espécies de Badnavirus que infectam a bananeira no Brasil, sendo que três novas espécies, ainda não descritas na literatura, foram aqui detectadas.
The efficient diagnosis of Banana streak virus (BSV) is a great challenge due to two main limitations: the high diversity of this virus in all countries where it occurs, making the detection by serological tests inefficient, since they might generate false negative results, and the capacity of integrating, complete or incompletely, into the banana genome which, in turn, generates false positive results when employing molecular techniques. This study aimed at testing the efficiency of the technique called "Rolling circle amplification" (RCA) for the diagnosis of BSV in banana without the occurrence of false positives. We also collected virus isolates in different regions of the country in order to determine their identity compared with previously described isolates from other parts of the world, based on the molecular analysis of gene RT/RNaseH and digestion with restriction enzymes. We analyzed 41 samples of banana suspected of infection, from 6 Brazilian states, submitting them to PCR and RCA tests. Among the positive samples, 11 isolates were chosen for sequencing. All collected samples were PCR positive, however, when analyzed by RCA, only 31 were positive, showing that, if analyzed only by PCR, 10 would have generated false positives. On the 540 bp genomic fragments located in the RT/RNaseH gene, eleven sequenced isolates showed an identity of nucleotides ranging from 65 to 99% among them, and 42 to 99% with the isolates from the GenBank, belonging to the different species described above, which were used for comparison. Based on these identities, four of the isolates were classified: one as Banana streak Uganda virus C (BSUgCV), two as Banana streak obinoI'Ewai virus (BSOLV) and one as Banana streak Mysore virus (BSMyV). Three other isolates were not classified in any of the described species, so-called: PR-CAT1 and SE-PAN1, which presented 92% identity with each other and, therefore, must be of the same species; and CE-PRCA1, which was shown to be completely different from the Brazilian and GenBank isolates. Attempts to use restriction enzymes in order to characterize species were unsuccessful, requiring additional research . The data point to the need for further studies with the causal agents of banana streak virus in Brazil due to the high variability and complexity of the genomic isolates present in the country. In this work, we characterized for the first time, based on genomic analyzes, some of the Badnavirus species which infect banana in Brazil, with three new species not yet described in the literature being detected.
metadata.teses.dc.description: Dissertação apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós- Graduação em Biotecnologia Vegetal, área de concentração em Biotecnologia Vegetal, para a obtenção do título de Mestre.
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/1640
Publicador: UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS
Idioma: pt_BR
Aparece nas coleções:PPBV - Biotecnologia Vegetal - Mestrado (Dissertações)

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