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Título: Formação de uma coleção de fragmentos isolados de bactérias fitopatogênicas quarentenárias e não quarentenárias regulamentadas para fins diagnósticos
Título Alternativo: Formation of a fragment collection isolated from quarantine and regulated non quarantine phytobacteria for diagnostics purposes
Autor(es): Ribeiro, Daniel Henrique
Orientador: Souza, Ricardo Magela de
Membro da banca: Figueira, Antonia dos Reis
Chalfun Junior, Antonio
Área de concentração: Fitopatologia
Assunto: Diagnose
Fitobactérias
PCR
Clonagem
Controles positivos
Phytobacteria
Diagnosis
Cloning
Positive controls
Data de publicação: 11-Ago-2014
Referência: RIBEIRO, D. H. Formação de uma coleção de fragmentos isolados de bactérias fitopatogênicas quarentenárias e não quarentenárias regulamentadas para fins diagnósticos. 2011. 87 p. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitopatologia)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2011.
Resumo: A correta detecção e identificação do agente causal de uma doença é fator essencial para evitar a sua introdução em novas áreas de cultivo, bem como na adoção de práticas eficientes de controle. Para isso, várias técnicas de biologia molecular têm sido utilizadas em procedimentos de detecção, no intuito de diagnosticar e caracterizar o patógeno rapidamente, como a amplificação enzimática direcionada por primers de DNA, ou reação da polimerase em cadeia (Polymerase Chain Reaction - PCR), vastamente utilizada para detecção de fitobactérias. Entretanto, para minimizar as possibilidades de falhas na execução e garantir uma margem razoável de segurança na técnica, é necessário dispor de meios para a validação da metodologia utilizada. Nesta validação da técnica utilizada na diagnose de fitobactérias são necessários os controles positivos do patógeno para que não ocorram laudos com resultados falsos negativos advindos de problemas na execução da metodologia de diagnose, o que acarretaria problemas futuros para o produtor, para o laboratório de diagnose e para a agricultura nacional. No caso das Pragas Quarentenárias, existe um risco de se introduzir a bactéria através da dispersão involuntária em regiões onde esta não existe se forem mantidas e utilizadas células viáveis da espécie bacteriana como controle positivo. A montagem de um banco de controles positivos formado a partir de fragmentos de DNA clonados e armazenados destas bactérias quarentenárias eliminaria o risco de epidemia em novas áreas. Com isso os objetivos deste trabalho foi: Montar um banco de controles positivos para bactérias quarentenárias e não quarentenárias regulamentadas, para uso em pesquisa e laudos diagnósticos. Com primers específicos utilizados na metodologia de PCR, para se obter fragmentos genômicos de interesse amplificados, que foram purificados, clonados e armazenados, montou-se um Banco de Controles Positivos para as seguintes fitobactérias: Pantoea stewartii subsp. stewartii, Candidatus Liberibacter americanus, Candidatus Liberibacter asiaticus, Xanthomonas campestris pv. viticola, Xanthomonas citri subsp. citri, Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli, Xanthomonas campestris pv. campestris, Curtobacterium flaccumfasciens pv. flaccumfasciens, Pseudomonas syringae pv. tabaci, Pseudomonas syringae pv. tomato, Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis e Pseudomonas syringae pv. syringae.
The correct detection and identification of the causative agent of disease is an essential factor to prevent its introduction into new areas of cultivation, as well as in the adoption of effective control practices. For this purpose, several molecular biology techniques have been used in detection procedures in order to detect and characterize the pathogen quickly, as the enzymatic amplification directed by DNA primers or the polymerase chain reaction - PCR, widely used to detect phytobacteria. However, to minimize the possibility of performance failures and to ensure a reasonable safety margin in the technique, it´s necessary to have the means to validate the methodology employed. In this technique validation used to diagnose phytobacteria, pathogens positive controls are necessary so that does not occur false negative reports arising from problems in the diagnosis methodology performance, which would cause future problems to the producer, to the diagnosis laboratory and to the national agriculture. In the case of quarantine pests, there is a risk of introducing bacteria through the unintentional dispersal in regions where they do not exist if bacterial species viable cells were held and employed as a positive control. Assembling a positive controls library made up from these quarantine bacteria cloned fragments and stored DNA would eliminate the epidemic risk in new areas. Therefore, this work aims: assemble a positive controls library for quarantine and non-quarantine regulated bacteria to employ in research and diagnostic reports. With specific primers employed in the PCR methodology, thus obtaining amplified interesting genomic fragments, which were purified, cloned and stored, it was assembled a positive controls library for the following phytobacteria: Pantoea stewartii subsp. stewartii, Candidatus Liberibacter americanus, Candidatus Liberibacter asiaticus, Xanthomonas campestris pv. viticola, Xanthomonas citri subsp. citri, Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli, Xanthomonas campestris pv. campestris, Curtobacterium flaccumfasciens pv. flaccumfasciens, Pseudomonas syringae pv. tabaci, Pseudomonas syringae pv. tomato, Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis and Pseudomonas syringae pv. syringae.
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/2464
Publicador: UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS
Idioma: pt_BR
Aparece nas coleções: DFP - Agronomia/Fitopatologia - Mestrado (Dissertações)

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