Use este identificador para citar ou linkar para este item: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/43169
Título: Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel
Título(s) alternativo(s): Application of cluster analysis of temporal gene expression data to panel data
Palavras-chave: Bioinformática
Método de Tocher
Método de Ward
Microarranjo
Modelo autorregressivo
Série temporal
Bioinformatics
Tocher's method
Ward's method
Microarray
Autoregressive model
Time series
Data do documento: Nov-2011
Editor: Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento (SPD)
Citação: NASCIMENTO, M.; SÁFADI, T.; SILVA, F. F. e. Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 11, p. 1489-1495, Nov. 2011. DOI: 10.1590/S0100-204X2011001100010.
Resumo: The objective of this work was to determine the best alternative for the formation of homogeneous groups of gene expression series among the hierarchical clustering (Ward) and optimization (Tocher) methods, and to perform predictions regarding the gene expression of these series from a small number of temporal observations. The data used refer to the expression of genes that act on cell cycle of Saccharomyces cerevisiae, and corresponded to 114 gene expression series, with ten-fold-change values (expression measure) each, over time (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120, and 135 min). The parameter estimates of autoregressive models AR(p) were previously adjusted to individual series (from each gene) of microarray time series data and used as variables in the clustering process. Gene expression predictions were made within each formed group from the adjustments in AR(p) model for panel data. The Ward's method was the more suited for the formation of gene groups with homogeneous series. Once these groups are obtained, it is possible to adjust the model AR(2) for panel-data, and successfully predict gene expression at a future time (135 min) from a small number of temporal observations (the nine other fold-change values).
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/43169
Aparece nas coleções:DEX - Artigos publicados em periódicos

Arquivos associados a este item:
Arquivo Descrição TamanhoFormato 
ARTIGO_Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel.pdf449,77 kBAdobe PDFVisualizar/Abrir


Este item está licenciada sob uma Licença Creative Commons Creative Commons