Controle do erro tipo I em um experimento de microarrays com eucalipto

Pereira, Renato Nunes; Bueno Filho, Julio Sílvio de Sousa

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Campo DC	Valor	Idioma
dc.creator	Pereira, Renato Nunes	-
dc.creator	Bueno Filho, Julio Sílvio de Sousa	-
dc.date.accessioned	2020-01-23T12:13:02Z	-
dc.date.available	2020-01-23T12:13:02Z	-
dc.date.issued	2009	-
dc.identifier.citation	PEREIRA, R. N.; BUENO FILHO, J. S. de S. Controle do erro tipo I em um experimento de microarrays com eucalipto. Revista Brasileira de Biometria, Jaboticabal, v. 27, n. 3, p. 350-359, jul./set. 2009.	pt_BR
dc.identifier.uri	http://jaguar.fcav.unesp.br/RME/fasciculos/v27/v27_n3/A3_Renato_Julio.pdf	pt_BR
dc.identifier.uri	http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/38593	-
dc.description.abstract	Microarray experiments deals with testing thousands of simultaneous hypotesys in the same experiment. To control experimentwise type one error rate many corrections on significance levels has been proposed, as is “False Discovery Rate” (Benjamini e Hochberg, 1995). In Genolyptus project, that aims for identifying aspects of the functional genomics of Eucalyptus, 21413 probes were tested in microarrays. Response from 1113 do not verify normality of residuals (according to Shapiro-Wilks test) and went on non-linear transformation to be analysed. Box-Cox corrected the problem for 801 of these probes and 12 out of it have shown significance for treatment effects. From the remaining probes that were not transformed, 40 has shown significance for treatment effects. Contrasts among five treatments for these 52 probes were investigated. FDR and Box-Cox transformation has shown usefull to reduce the number of treatments and made possible to devise further study on differential expression.	pt_BR
dc.language	pt_BR	pt_BR
dc.publisher	Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho – Unesp	pt_BR
dc.rights	restrictAccess	pt_BR
dc.source	Revista Brasileira de Biometria	pt_BR
dc.subject	Eucalipto	pt_BR
dc.subject	False discovery rate	pt_BR
dc.subject	Microarrays	pt_BR
dc.subject	Transformação Box-Cox	pt_BR
dc.subject	Eucalyptus	pt_BR
dc.subject	Box-Cox transformation	pt_BR
dc.title	Controle do erro tipo I em um experimento de microarrays com eucalipto	pt_BR
dc.title.alternative	Type I error rate control in a microarrays experiment with eucalyptus	pt_BR
dc.type	Artigo	pt_BR
dc.description.resumo	Experimentos com microarrays visam analisar milhares de testes de hipóteses simultâneos para diferentes variáveis-respostas na mesma estrutura de unidades experimentais.Diversos procedimentos têm sido adotados para o cálculo de níveis de significância corrigidos, para o controle da taxa de erro tipo I, sendo um dos principais a “False Discovery Rate” (Benjamini e Hochberg, 1995). No âmbito do projeto Genolyptus, que busca identificar aspectos da genômica funcional do eucalipto, foram realizados ensaios com 21413 sondas.Destas, 1113 não atendiam à pressuposição de normalidade, segundo o teste de ShapiroWilks, necessitando de uma transformação não linear de dados. A transformação de Box-Cox corrigiu o problema da não normalidade para 801 dessas sondas, tendo sido detectada significância nos níveis corrigidos pela FDR para o efeito de tratamento em 12 destas 801 análises. Para as demais sondas que não necessitaram de transformação de dados, 40 revelaram significância para o efeito de tratamento, perfazendo um total de 52 sondas a serem investigadas para os contrastes de maior interesse. O uso do procedimento FDR e a transformação Box-Cox mostraram-se úteis em reduzir o número de ocorrência de resultados falsos positivos, tornando possível montar estudos posteriores sobre o potencial de expressão diferencial.	pt_BR
Aparece nas coleções:	DEX - Artigos publicados em periódicos

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