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http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/5298| Título: | Uma metodologia para identificação de módulos formadores de sequências de proteínas mosaicas do trypanosoma cruzi a partir do transcriptoma do parasito utilizando a ferramenta blast |
| Autor : | Lima, Elisa Boari de |
| Primeiro orientador: | Rodrigues, Thiago de Souza |
| Primeiro membro da banca: | Uchôa, Joaquim Quinteiro Pereira, Marluce Rodrigues |
| Área de concentração: | Bioinformática |
| Palavras-chave: | Bioinformática Proteínas mosaicas Trypanosoma cruzi Transcriptoma Blast Bioinformatics Mosaic proteins Transcriptome |
| Data da defesa: | 18-Nov-2008 |
| Data da publicação: | 10-Abr-2015 |
| Referência: | LIMA, E. B. de. Uma metodologia para identificação de módulos formadores de sequências de proteínas mosaicas do trypanosoma cruzi a partir do transcriptoma do parasito utilizando a ferramenta blast. 2008. 53 p. Monografia (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2008. |
| Resumo: | Este trabalho propôs uma metodologia de identificação de módulos formadores de sequências nucleotídicas codificadoras de proteínas mosaicas do Trypanosoma cruzi utilizando a ferramenta BLAST. Para o desenvolvimento da metodologia, foi utilizada a família MASP de proteínas e aplicado inicialmente o conjunto de valores padrão dos parâmetros da ferramenta. Posteriormente foram estudadas diferentes combinações de valores de parâmetros a fim de comparação de resultados, incluindo valores indicados pela literatura. A metodologia desenvolvida provou ser eficaz para o objetivo proposto, obtendo melhores resultados quando aplicados valores diferentes dos valores padrão para filtro de regiões de baixa complexidade, E-value e tamanho inicial de palavra. |
| Abstract: | This paper proposed a methodology for the identifying component modules of nucleotide sequences that code Trypanosoma cruzi mosaic proteins using BLAST. For the development of the methodology, MASP protein family was used and a set of default BLAST parameter values was initially applied. Afterwards, different combinations of parameter values were studied for result comparison, including those indicated in literature. The developed methodology proved to be efficient for the proposed objective, obtaining better results when non-default parameter values for low complexity region filter, E-value and initial word size were applied. |
| URI: | http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/5298 |
| Idioma: | pt_BR |
| Aparece nas coleções: | PROGRAD - Ciência da Computação (Trabalhos de Conclusão de Curso) |
Arquivos associados a este item:
| Arquivo | Descrição | Tamanho | Formato | |
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| Elisa_Apresentacao.pdf | Apresentação da monografia | 1,17 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
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