1. RI UFLA
  2. Programas de Pós-Graduação - Teses e Dissertações
  3. Zootecnia - Mestrado (Dissertações)
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dc.creatorPinto, Karine Daenquele Silva-
dc.date.accessioned2024-08-15T19:20:18Z-
dc.date.available2024-08-15T19:20:18Z-
dc.date.issued2024-08-15-
dc.date.submitted2024-03-27-
dc.identifier.citationPINTO, K. D. S. Single-step genome-wide association study for carcass quality traits in angus beef cattle. 2024. 51 p. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2024.pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/59222-
dc.descriptionArquivo retido, a pedido da autora, até junho de 2025.-
dc.description.abstractThe identification of genomic regions and genes that influence carcass quality traits is important for improving beef cattle selection. Within this context, the objective of this study was to identify genomic regions and putative candidate genes associated with the ribeye area (REA), marbling (MARB), backfat thickness (BFT) and rump fat thickness (RFT) in Angus beef cattle. The pedigree file contained data for 2,446 animals and a total of 1,391 animals were genotyped with the GGP Bovine 150K (Illumina). The single-step approach for genome-wide association study (ssGWAS) was performed to estimate the SNP effects and variances accounted by 10‐ SNP sliding windows. Confirming the polygenic nature of the studied traits, 23, 23, 22, and 31 genomic windows that explained more than 0.5% of the additive genetic variance were identified for REA, MARB, BFT and RFT, respectively. A total of 66, 56, 36, and 105 protein- coding genes were found in windows associated with REA, MARB, BFT and RFT, respectively. Several protein‐coding genes were identified within those genomic regions, such as SIRT6, CREB3L3, HNRNPH1, RUFY, EEF2, NMRK2, FDS1, CTNNA2, MAMSTR, PCCB, GALNT13, CTNNA3, EPHB2, PLA2G4E, APOD, RPL9, AGAP1, MFSD2A, FAM13A, DDHD1, CAST, CISD1, PLA2G1B, DROSHA, CDH6, FAM83A, SPHK2, and NEIL3 gene, according to its function. Functional enrichment analysis by DAVID tool also revealed several significant (p< 0.05) KEGG pathways and Gene Ontology terms such as glycerophospholipid catabolic process (GO:0046475), phospholipid catabolic process (GO:0009395) and lipid catabolic process (GO:0016042). These results contribute to improving the knowledge of the genetic architecture of carcass quality traits in Angus beef cattle and may contribute to genetic evaluations.pt_BR
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)pt_BR
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Lavraspt_BR
dc.rightsrestrictAccesspt_BR
dc.rightsAttribution 4.0 International*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/*
dc.subjectÁrea de olho de lombopt_BR
dc.subjectBos taurus tauruspt_BR
dc.subjectEspessura de gordura na garupapt_BR
dc.subjectAvaliação de carcaçapt_BR
dc.subjectEspessura de gordura subcutâneapt_BR
dc.subjectMarmoreiropt_BR
dc.subjectBackfat thicknesspt_BR
dc.subjectMarblingpt_BR
dc.subjectRibeye areapt_BR
dc.subjectRump fat thicknesspt_BR
dc.titleSingle-step genome-wide association study for carcass quality traits in angus beef cattlept_BR
dc.title.alternativeAssociação genômica ampla aplicada à caracteristicas de qualidade da carcaça em bovinos da raça anguspt_BR
dc.typedissertaçãopt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Zootecniapt_BR
dc.publisher.initialsUFLApt_BR
dc.publisher.countrybrasilpt_BR
dc.contributor.advisor1Meirelles, Sarah Laguna Conceição-
dc.contributor.referee1Meirelles, Sarah Laguna Conceição-
dc.contributor.referee2Stafuzza, Nedenia Bonvino-
dc.contributor.referee3Bueno, Julio Silvio de Sousa-
dc.description.resumoA identificação de regiões genômicas e genes que influenciam as características de qualidade da carcaça é importante para melhorar a seleção de bovinos de corte. Dentro deste contexto, o objetivo deste estudo foi identificar regiões genômicas e possíveis genes candidatos associados à área de olho de lombo (AOL), marmoreio (MARM), espessura de gordura subcutânea (EGS) e espessura de gordura na garupa (EGPS) em bovinos da raça Angus. O arquivo de pedigree continha dados de 2.446 animais sendo que um total de 1.391 animais foram genotipados com o GGP Bovine 150K (Illumina). O estudo de associação genômica ampla (ssGWAS) foi realizado para estimar os efeitos e variações dos SNPs contabilizados pelas janelas subjacentes de 10-SNPs. Foram identificadas 23, 23, 22 e 31 janelas genômicas que explicaram mais de 0,5% da variância genética aditiva para AOL, MARM, EGS e EGP8, respectivamente, o que confirma a natureza poligênica das características. Um total de 66, 56, 36 e 105 genes codificadores de proteínas foram encontrados em janelas associadas a AOL, MARM, EGS e EGP8, respectivamente. Vários genes codificadores de proteínas foram identificados nessas regiões genômicas, como SIRT6, CREB3L3, HNRNPH1, RUFY, EEF2, NMRK2, FDS1, CTNNA2, MAMSTR, PCCB, GALNT13, CTNNA3, EPHB2, PLA2G4E, APOD, RPL9, AGAP1, MFSD2A, FAM13A, DDHD1, CAST, CISD1, PLA2G1B, DROSHA, CDH6, FAM83A, SPHK2 e NEIL3, os quais foram destacados de acordo com suas funções. A análise de enriquecimento funcional foi realizada com a ferramenta DAVID também revelou várias vias metabólicas KEGG significativas (p<0,05) e termos Ontologia Gênica, como a ligação específica à sequência da região reguladora da transcrição da RNA polimerase II (GO:0001228), processo catabólico de glicerofosfolipídeo (GO:0046475), processo catabólico de fosfolipídio (GO:0009395) e processo catabólico lipídico (GO:0016042). Estes resultados contribuem para melhorar o conhecimento da arquitetura genética das características de qualidade de carcaça em bovinos de corte Angus e podem contribuir para avaliações genéticas.pt_BR
dc.publisher.departmentFaculdade de Zootecnia e Medicina Veterinária – FZMVpt_BR
dc.subject.cnpqZootecniapt_BR
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