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Please use this identifier to cite or link to this item: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/2304

Title: Análise da comunidade de fungos em solos da Amazônia por Eletroforese em Gel com Gradiente de Desnaturante (DGGE)
Other Titles: Analysis of the fungal community in soils of Amazonia mediated by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)
???metadata.dc.creator???: Monteiro, Giselle Gomes
???metadata.dc.contributor.advisor1???: Pfenning, Ludwig Heinrich
???metadata.dc.contributor.referee1???: Cardoso, Patrícia Gomes
Marriel, Ivanildo Evódio
???metadata.dc.description.concentration???: Microbiologia Agrícola
Keywords: Solos - Fungos
Solos - Uso
Solos tropicais
Eletroforese
Eletroforesis
???metadata.dc.date.submitted???: 2-Jan-2007
Issue Date: 6-Aug-2014
Citation: MONTEIRO, G. G. Análise da comunidade de fungos em solos da Amazônia por eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE). 2007. 48 p. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agrícola)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2007.
???metadata.dc.description.resumo???: Os objetivos deste trabalho foram adaptar uma metodologia de DGGE para analisar variações na estrutura de comunidades de fungos em solos sob vegetação natural da Amazônia e avaliar o impacto de sistemas de uso extensivo da terra sobre a comunidade de fungos. A área do estudo é localizada na região do Alto Solimões, município de Benjamin Constant, no Estado da Amazônia. Cinqüenta amostras compostas de solo foram coletadas sob floresta tropical úmida de terra firme e sob cinco diferentes sistemas de uso extensivo de terra, adotados pela população indígena local. DNA metagenômico foi extraído diretamente do solo com um kit comercial e amplificado por nested PCR utilizando dois pares de primers, NS1+EF3 e NS1+FR1GC, descritos na literatura e considerados específicos para a amplificação de um fragmento de 1650 pb do gene 18S rDNA de fungos . Condições favoráveis da DGGE para a separação satisfatória dos amplicons foram obtidas ajustando o gradiente desnaturante do gel a 25-38% e a corrida eletroforética a uma voltagem constante de 200 V a 55 ºC por 15 horas. Nestas condições foi possível detectar diferenças na estrutura das comunidades de fungos nas amostras de solo estudadas, gerando um perfil polimórfico de bandas por DGGE, característico para cada tipo de uso da terra. A análise do padrão de bandas evidenciou que o perfil das repetições de cada sistema é mais similar que os perfis dos diferentes sistemas de uso da terra. Mesmo assim, não há diferença significativa entre os diferentes sistemas, exceto a pastagem, indicando que o impacto das práticas agrícolas é baixo e, provavelmente, preserva a estrutura da comunidade de fungos. Apesar destas áreas não terem sofrido tervenções antrópicas significativas, o protocolo desenvolvido neste trabalho mostrou-se sensível para detectar alterações na estrutura das comunidades de fungos. Informações sobre a identidade e função de fungos poderiam ser obtidas por meio da confecção de bibliotecas genômicas a partir do DNA extraído e da excisão e o seqüenciamento de amplicons obtidos.
The aim of the present work was the adaptation of a DGGE methodology for the analysis of the fungal community structure in soils under natural vegetation in the Brazilian Amazon and the evaluation of the impact of different land-uses on the soil fungal communities. The area studied is located in the region known as "Alto Solimões", close to the municipality of Benjamin Constant, Amazon State. Fifty composite soil samples were collected from undisturbed tropical forest and from sites nearby, submitted to five different land uses by local indigenous people. Metagenomic DNA was extracted directly from soil with a commercial kit and amplified by nested PCR using two sets of primers, NS1+EF3 and NS1+FRIGC, which are considered specific for the amplification of a 1650 bp fragment of fungal 18S rDNA gene. Satisfactory band separation in DGGE was accomplished with a gradient of denaturants ranging from 25 to 38%, under a constant voltage of 200 V and temperature of 55 °C, in an electrophoretic run of 15 hours. Under these conditions it was possible to detect variations in the fungal community structure with a polymorphic DGGE band pattern, characteristic of each land use evaluated. The DGGE band patterns among samples of the same land use were more similar than for samples from different origins. However, except for pasture, no statistically significant differences among land uses were detected, indicating that agricultural practices commonly adopted in the region have low impact on the fungal community structure. Information about identity and function of fungal species could now be obtained by construction of a genomic library based on extracted metagenomic DNA and excision and sequencing of amplicons.
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/2304
Publisher: UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS
???metadata.dc.language???: pt_BR
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