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Título: Métodos estatísticos na análise de dados de PCR em tempo real
Título(s) alternativo(s): Statistical methods in analysis of real-time PCR data
Autor : Silva, Andrezza Rosane
Lattes: http://lattes.cnpq.br/0900867216027037
Primeiro orientador: Lima, Renato Ribeiro de
Segundo orientador: Chalfun Junior, Antonio
Primeiro membro da banca: Oliveira, Izabela Regina Cardoso
Segundo membro da banca: Barreto, Horllys Gomes
Palavras-chave: Técnica qPCR
Expressão gênica - Análise
Modelo de eficiência calibrada
Modelos mistos
Technique qPCR
Gene expression - Analysis
Calibrated efficiency model
Mixed models
Data da publicação: 18-Jul-2017
Agência(s) de fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Referência: SILVA, A. R. Métodos estatísticos na análise de dados de PCR em tempo real. 2017. 78 p. Dissertação (Mestrado em Estatística e Experimentação Agropecuária)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2017.
Resumo: A qPCR é uma técnica amplamente utilizada em experimentos de quantificação da expressão gênica. No entanto, considerações estatísticas como testes de significância, valores-p e intervalos de confiança não são utilizados em muitos trabalhos que envolvem a técnica de qPCR. Assim, pesquisadores que não realizam a análise estatística de forma adequada podem obter inferências equivocadas. O objetivo deste trabalho é apresentar e comparar diferentes métodos de análise de dados de expressão gênica, obtidos utilizando-se a técnica de qPCR. Nesta comparação foram utilizados dados de um experimento para avaliar a expressão gênica em mudas de café (Coffea arabica) obtidas em diferentes condições de estresse hídrico. Os métodos aplicados e comparados foram: modelo de eficiência calibrada, método C q comparativo, análise de variância considerando modelos fixos e mistos. Para fins de comparação, para cada método, foram obtidos os valores referentes às razões da expressão relativa e seus respectivos intervalos de confiança a 95%. As análises foram realizadas utilizando os softwares R e SAS. Os resultados indicaram que os valores obtidos para a razão utilizando os métodos C q comparativo, modelo de eficiência calibrada, modelos fixo e misto, foram em geral similares. Os resultados obtidos considerando o modelo misto foram melhores por apresentar, na maioria dos casos, intervalos de confiança com menores amplitudes e, consequentemente, maior precisão nas inferências realizadas.
Abstract: The qPCR is a widely technique used in the experiments related to gene expression quantification. However, in several cases, statistical formalism like significance tests, p-value and confidence intervals are not used in the data analysis from experiments which involve the qPCR technique. Thus, lack of statistical formalism leads to invalid inferences. The purpose of this work is to present and to compare different methods to analyse gene expression data obtained by using the qPCR. Data from an experiment with coffe plants under water-deficit conditions were used to evaluate the methods. The methods which were evaluate in this study were: efficiency calibrated model, comparative C q method, analysis of variance considering fixed and mixed models. The ratios, which represent the relative expressions, with the respective confidence intervals were obtained and used to compare different methods. The analyses had been done using the softwares R and SAS. The results indicated that the ratio values obtained by the comparative Cq method, efficiency calibrated model, fixed and mixed models are close. However, the best results were obtained using the mixed models, because the width of de confidence intervals were the smallest. Thus, the precision of the estimated effects was better than the estimates obtained by the other methods.
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/13430
Publicador: Universidade Federal de Lavras
Idioma: por
Aparece nas coleções:DEX - Estatística e Experimentação Agropecuária - Mestrado (Dissertações)

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