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Título: Caracterização molecular de bacillus thuringiensis utilizando REP-PCR e perfil plasmidial
Título(s) alternativo(s): Molecular characterization of bacillus thuringiensis using REP-PCR and plasmid pattern
Autor : Silva, Rosane Bezerra da
Primeiro orientador: Valicente, Fernando Hercos
Primeiro membro da banca: Paiva, Luciano Vilela
Picoli, Edgard Augusto de Toledo
Área de concentração: Biotecnologia Vegetal
Palavras-chave: Bacillus thuringiensis
Perfil plasmidial
REP-PCR
Caracterização molecular
Bacillus thuringiensis
Biologia molecular
Molecular characterization
Plasmid pattern
Data da publicação: 4-Ago-2014
Referência: SILVA, R.B. Caracterização molecular de bacillus thuringiensis utilizando REP-PCR e perfil plasmídial. 2009. 83 p. Dissertação (Mestrado em Agronomia)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2009.
Resumo: Os insetos constituem uma das principais causas de danos à produção agrícola no mundo. O controle de insetos tem sido realizado essencialmente por meio de agroquímicos. A bactéria entomopatogênica Bacillus thuringiensis tem sido utilizada como alternativa de controle. É uma bactéria Gram-positiva que ocorre naturalmente no solo e produz proteínas na forma de cristais que são tóxicas a uma variedade de insetos entre as ordens Lepidoptera, Diptera, e Coleóptera. Apresenta alta variabilidade genética e está amplamente distribuída na natureza. O presente trabalho objetivou a caracterização de cepas pertencentes ao banco de B. thuringiensis da EMBRAPA-CNPMS, quanto ao perfil plasmídial e avaliar a diversidade genética com base nas sequências repetitivas ERIC e REP. O perfil plasmidial foi avaliado pela migração das bandas em gel de agorose sendo possível visualizar o perfil de 49 das 60 cepas utilizadas. Cepas pertencentes a uma mesma subespécie apresentaram diferentes migrações de plasmídeos, com exceção das cepas 348L e 462A pertencentes à subespécie galleriare. A cepa T09 Bt tolworthi apresentou migração plasmidial idêntica as duas cepas galleriare citadas à cima. Assim obtivemos 46 cepas com perfil plasmidiais distintos, fazendo desta técnica uma ferramenta útil para discriminar cepas específicas, tornando-se valiosa em termos de propriedade intelectual e reivindicações. A divergência genética entre 56 cepas foi estimada utilizando ferramenta com base em PCR com primers específicos para as seqüências ERIC e REP. Sendo os fragmentos gerados analisados por eletroforese em géis de agarose ou poliacrilamida. As distâncias genéticas foram obtidas pelo complemento do coeficiente de Jaccard e os agrupamentos foram realizados pelo método UPGMA com aplicação de bootstrap para verificar a consistências dos agrupamentos. Uma segunda análise de grupos foi realizada pelo método de Tocher. Os primers ERIC e Bc-REP detectaram grande divergência genética entre as 56 cepas de B. thuringiensis com formação de 21 grupos quando considerado um ponto de corte de 60%. Entre estes houve valores de bootstrap acima de 50% e grupos com valores de bootstrap abaixo de 50%, parece estarem relacionados com número de bandas, que foram menores nestes casos. Alguns grupos formados com o método Tocher estavam de acordo com os grupos obtidos com o agrupamento UPGMA. Aparentemente, alguns dos grupos formados parecem estar relacionados com mortalidade e procedência, necessitando mais estudos para confirmação.
The insects consist one of most important causes of damage to agricultural production in the world. The insect control has been performed essentially by the use of chemical products. The entomopathogenic bacterium Bacillus thuringiensis has been widely used as an alternative to chemical control. It is a Gram positive bacterium that occurs naturally in soil and produces proteins in a crystal shape, that are toxic to a variety of insects belonging to the orders Lepidoptera, Diptera, and Coleoptera. It has high genetic variability and is widely distributed in nature. To characterize strains belonging to the bank of B. thuringiensis of the EMBRAPA-CNPMS, plasmidial pattern and evaluate genetic diversity based on repetitive sequences ERIC and REP were used. Plasmidial pattern was evaluated by migration of the bands in agorose gel and it is possible to visualize the profile of 49 to 60 strains used. Strains belong to the same subspecies presented different pattern of plasmid migration, except the strains 348L and 462A belonging to the subspecies galleriare. The strain T09 Bt tolworthi showed identical plasmidial migration with both strains galleriare mentioned above. Distinct plasmidial pattern was obtained for 46 strains, and this technique becomes a useful tool to discriminate specific strains and a valuable in terms of intellectual property and claims.The genetic diversity was evaluated among 56 strains using PCR with specific primers to sequences ERIC and REP. Since the resulting fragments analyzed by electrophoresis in agorose gel or polyacrylamide The genetic distances obtained by Jaccard coefficient completion and the groups were done by method UPGM with bootstrap application to verify the consistence of the groups. Tocher method was used to analyze the second group. ERIC and Bc - REP primers detected a huge genetic diversity among 56 strains of B. thuringiensis with formation of 21 groups when considerate a cutoff 60%. Among these were the bootstrap values higher than 50% and groups with bootstrap values below 50%, apperar to be related to number of bands, which were lower in these. Some groups formed with Tocher method were in agreement with the groups obtained with the UPGMA clustering. Apparently, some of the groups formed appear to be related to mortality and origin, requiring further study for confirmation.
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/2149
Publicador: UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS
Idioma: pt_BR
Aparece nas coleções:PPBV - Biotecnologia Vegetal - Mestrado (Dissertações)

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