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metadata.teses.dc.title: Setaria viridis (L.) P. Beauv. (acesso A10.1) como potencial planta modelo para validação de promotores/genes responsivos ao estresse salino
metadata.teses.dc.title.alternative: Setaria viridis (L.) P. Beauv. (access A10.1) as a potential model plant for validation of saline stress responsive genes / promoters
metadata.teses.dc.creator: Ferreira, Thalita Massaro Malheiros
metadata.teses.dc.creator.Lattes: http://lattes.cnpq.br/9866068129459346
metadata.teses.dc.contributor.advisor1: Souza Junior, Manoel Teixeira
metadata.teses.dc.contributor.advisor2: Sousa, Carlos Antônio Ferreira de
metadata.teses.dc.contributor.referee1: Souza Júnior, Manoel Teixeira
metadata.teses.dc.contributor.referee2: Sousa, Carlos Antônio Ferreira de
metadata.teses.dc.contributor.referee3: Quirino, Betânia Ferraz
metadata.teses.dc.subject: Estresse abiótico
Transcritômica
Palma de óleo
Planta modelo
Setaria viridis
Estresse salino
Abiotic stress
Oil palm
Transcriptomics
Model plant
Saline stress
metadata.teses.dc.date.issued: 5-Aug-2020
metadata.teses.dc.description.sponsorship: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
metadata.teses.dc.identifier.citation: FERREIRA, T. M. M. et al. Setaria viridis (L.) P. Beauv. (acesso A10.1) como potencial planta modelo para validação de promotores/genes responsivos ao estresse salino. 2020. 116 p. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) – Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2020.
metadata.teses.dc.description.resumo: Este estudo teve como objetivo o teste de duas hipóteses, que foram: a) A Setaria viridis (L.) P. Beauv. (acesso A10.1) é intolerante a estresse salino, e consequentemente pode ser utilizada como planta modelo para validação de genes candidatos a conferir tolerância à salinidade; e b) O perfil de expressão de genes de dendê (Elaeis guineensis Jacq.) responsivos a estresse de salinidade, observado mediante análise in silico de expressão diferencial, é igual ao observado in vivo. Para testar a primeira hipótese, foi realizada uma caracterização da resposta morfofisiológica de S. viridis (A10.1) a diferentes concentrações de NaCl tanto na germinação das sementes e desenvolvimento inicial, quanto na fase vegetativa. Os resultados alcançados permitem confirmar a primeira hipótese; no entanto, além de se observar que a germinação das sementes foi pouco afetada pela salinidade no substrato, enquanto o desenvolvimento inicial das mudas foi altamente prejudicado; também foi observado que na fase vegetativa a intolerância ao sal era mais evidente quando a condutividade elétrica é superior a aproximadamente 15 dSm-1 (NaCl > 0,4 g / 100 g de substrato). Para testar a segunda hipótese, foi realizada a prospecção e anotação de genes responsivos a estresse de salinidade em dendê, e caracterização do perfil de expressão gênica deste mediante emprego de qPCR. Dados de RNA-seq, que fazem parte do Banco de Dados “Sal da Terra” da Embrapa Agroenergia, e que foram obtidos a partir de amostras de folhas de plantas com zero, cinco e doze dias de estresse salino, foram submetidos à análise utilizando o módulo de transcritoma da plataforma OmicsBox. Para a seleção de genes responsivos ao estresse salino, foram aplicados os seguintes critérios: FDR ≤ 0.01 e logFC ≥ 5. Um total de 33 genes foi selecionado quando comparando plantas no dia zero e no dia cinco de estresse, e 10 genes quando comparando plantas no dia zero e no dia doze de estresse. Seis genes eram comuns a ambos os grupos, e por isso foram selecionados para anotação estrutural e funcional. Destes, três genes foram selecionados para caracterização do perfil de expressão in vivo, sendo que em nenhum deles foi observada coincidência nos perfis de expressão in silico e in vivo.
metadata.teses.dc.description.abstract: This study aimed to test two hypotheses, which were: a) Setaria viridis (L.) P. Beauv. (accession A10.1) is not tolerant to salt stress, and therefore can be used as a model plant for validation of candidate genes to confer tolerance to salinity, and b) the expression profile of salinity stress-responsive genes from oil palm (Elaeis guineensis Jacq.), observed by in silico differential expression analysis, is the same as that observed in vivo. To test the first hypothesis, we performed the characterization of the morphophysiological response of S. viridis (A10.1) to different concentrations of NaCl in seed germination and initial development, as well as in the vegetative phase. The results achieved allow confirming the first hypothesis; however, besides seen that the seed germination was little affected by the salinity in the substrate, while the initial seedling development was highly impaired; it was also observed that in the vegetative phase the intolerance to salt was more evident when the electrical conductivity is greater than approximately 15 dSm-1 (NaCl > 0.4 g / 100 g substrate). To test the second hypothesis, we prospected and annotated genes responsive to salinity stress in the oil palm genome and then characterized its expression profile through qPCR analysis. RNA-seq data, which are part of Embrapa Agroenergy's “Salt of the Earth” Database, and which were obtained from leaf samples of plants with zero, five and twelve days of salt stress, were submitted to analysis using the OmicsBox platform transcript module. For the selection of saline stress-responsive genes, the following criteria were applied: FDR ≤ 0.01 and logFC ≥ 5. A total of 33 genes were selected when comparing plants at zero and five days of stress and 10 genes when comparing plants at zero and 12 days of stress. Six genes were common to both groups and were therefore selected for structural and functional annotation. From these, three genes were selected for characterization of the expression profile in vivo; none of them had coincidence in silico and in vivo expression profiles.
metadata.teses.dc.identifier.uri: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/42226
metadata.teses.dc.publisher: Universidade Federal de Lavras
metadata.teses.dc.language: por
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