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Título: Sequenciamento genômico, análises comparativas e predição de alvos vacinais em Streptococcus agalactiae isolados de peixes, seres humanos e bovinos
Autor(es): Pereira, Ulisses de Pádua
Orientador: Figueiredo, Henrique Cesar Pereira
Coorientador(es): Mian, Gláucia Frasnelli
Membro da banca: Schwan, Rosane Freitas
Cardoso, Patrícia Gomes
Azevedo, Vasco Ariston de C.
Área de concentração: Ciências Veterinárias
Assunto: Streptococcus agalactiae
Sequenciamento genômico
Doenças infecciosas
Predição de alvos vacinais
Genomic sequencing
Infectious diseases
Vaccine target prediction
Data de Defesa: 21-Fev-2013
Data de publicação: 2013
Agência de Fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
Referência: Pereira, U. de P. Sequenciamento genômico, análises comparativas e predição de alvos vacinais em Streptococcus agalactiae isolados de peixes, seres humanos e bovinos. 2013. 131 p. Tese (Doutorado em Ciências Veterinárias) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2013.
Resumo: Streptococcus agalactiae (grupo B de Lancefield; GBS) é um importante patógeno para seres humanos, bovinos e peixes causando septicemia neonatal, mastite e meningo-encefalite, respectivamente. Este patógeno é responsável por significativa taxa de mortalidade em seres humanos neonatos e grandes perdas econômicas na produção de pescado e leite no Brasil e no mundo. Embora já existam genomas disponíveis de linhagens desta espécie bacteriana isoladas de seres humanos, bovinos e peixes, pouco se sabe sobre as características genômicas dos isolados de peixes. O presente trabalho foi realizado com os objetivos de sequenciar o genoma de uma linhagem de S. agalactiae (SA20-06) isolada de surto da doença em peixes no Brasil e fazer análises comparativas com outros 14 genomas disponíveis desta espécie de linhagens isoladas de seres humanos, bovinos e peixes. A partir dos dados destes genomas foram realizadas análises de pan-genoma, vias metabólicas, ilhas de patogenicidade e predição de potenciais alvos vacinais. O genoma completo da linhagem brasileira sequenciada apresentou menor tamanho quando comparado com tamanho do genoma de linhagens de outros hospedeiros. Grande diversidade no genoma das linhagens de S. agalactiae foi observada, porém o genoma das linhagens de peixe demonstrou-se menos variável. Possíveis alvos vacinais preditos por ferramentas de bioinformática são discutidos de forma global (analisando o genoma das 15 linhagens) e no subgrupo dos isolados de diferentes hospedeiros. As análises comparativas dos genomas da espécie contribuíram para o entendimento da interação patógeno hospedeiro e sugerem novos genes a serem caracterizados funcionalmente.
Streptococcus agalactiae (Lancefield group B; GBS) is an important pathogen for humans, cattle and fish causing neonatal septicemia, mastitis and meningo-encephalitis, respectively. This pathogen is responsible for significant mortality rate in human neonates and great economic losses in fish and milkproduction in Brazil and worldwide. Although there are already available genomes of strains of this bacterial species isolated from humans, cattle and fish, fewis known about the genomic features of strains of fish. This study was conducted with the following objectives: to sequence the genome of a strain of S. agalactiae (SA20-06) isolated from an outbreak of disease in fish in Brazil and do comparative analyzes with other 14 available genomes of strains of this species isolated from humans, cattle and fish. From the data of these genomes were analyzed for pan-genome, metabolic pathways, pathogenicity islands and prediction of potential vaccine targets. The complete genome of Brazilian strain sequenced showed smaller size when compared to the genome of strains of other hosts. Great diversity in the genome strains of S. agalactiae was observed, but the fish genome strains showed to be less variable. Possible vaccine targets predicted by bioinformatics tools are discussed in the overall picture of all the strains and in the subgroup of isolates from different hosts. Comparative analyzes of the genomes of the species contributed to the understanding of host pathogen interactions and suggest new genes to be characterized functionally.
Informações adicionais: Tese apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias, área de concentração em Ciências Veterinárias, para a obtenção do título de Doutor.
URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/520
Publicador: UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS
Idioma: pt_BR
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