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Estudos teóricos da PP5-Mg2+ como alvo promissor para o tratamento do câncer: uma abordagem de modelagem molecular
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Universidade Federal de Lavras
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Departamento de Química
Programa de Pós-Graduação
Agroquímica
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Tipo de impacto
Áreas Temáticas da Extenção
Objetivos de Desenvolvimento Sustentável
Dados abertos
Resumo
A modelagem molecular (MM) é indispensável no desenvolvimento de fármacos mais eficientes, potentes e seguros. Nesta linha, para a realização deste trabalho, foram aplicados métodos de mecânica molecular e mecânica quântica, a fim de interpretar o mecanismo molecular envolvido na interação fármaco-receptor, responsável pela atividade biológica específica. Como alvo terapêutico, foi escolhida a serina/treonina fosfatase 5 (PP5) estando esta diretamente relacionada ao quadro patológico do câncer. Esta doença, apesar de todos os avanços científicos e tecnológicos, ainda está associada à possibilidade de sofrimento físico, emocional e exige de suas vítimas um tratamento bem agressivo. Diante dessas circunstâncias, torna-se necessário investigar o mecanismo de inibição da PP5. Uma vez que esta enzima afeta diversas funções celulares, tais como a proliferação, migração, diferenciação e reparação de danos no DNA. Sendo assim, a PP5 pode ser considerada um alvo terapêutico inovador, desafiador e promissor para o tratamento do câncer. Portanto, o emprego da MM será importante para avaliar as interações que são mais favoráveis para a atividade inibitória da PP5, que auxiliem na proposta de novos compostos bioativos. Desse modo, os métodos computacionais utilizados neste trabalho foram: simulação de dinâmica molecular clássica, métodos QM/MM e cálculos AIM. Os resultados mostraram que os resíduos de Arg275, Asn303, His304, His352, Arg400, His427, Val429, Tyr452 e Phe446 contribuíram favoravelmente para uma boa acomodação do inibidor Cantaridina e seus derivados no sitio da PP5, e a potencialidade dos compostos está relacionada com a coordenação que eles realizam com os metais Mg2+. Esses resultados trouxeram uma melhor compreensão de como ocorre o mecanismo de inibição na PP5, permitindo potencialmente o planejamento de fármacos para o tratamento do câncer.
Abstract
Molecular modeling is indispensable in the development of more efficient, potent and safe drugs. In this line, for the accomplishment of this work, diverse methods of molecular mechanics and quantum mechanics were applied, in order to interpret the molecular mechanism involved in the drug-receptor interaction, responsible for the biological activity. As therapeutic target, PP5 was chosen, being this directly related to the pathological frame of cancer. This disease, despite all scientific and technological advances, is still associated with the possibility of physical and emotional suffering, and requires of its victims a very aggressive treatment. In view of these circumstances, it is necessary to investigate the mechanism of inhibition of PP5. Since this enzyme affects several cellular functions, such as proliferation, migration, differentiation and repair of DNA damage. Thus, PP5 can be considered an innovative, challenging and promising therapeutic target for the treatment of cancer. Therefore, the use of MM will be important to evaluate the interactions that are more favorable for the inhibitory activity of PP5, which help in the proposal of new bioactive compounds. Thus, the computational methods used in this work were: classical molecular dynamics simulation, QM / MM methods and AIM calculations. The results showed that Arg275, Asn303, His304, His352, Arg400, His427, Val429, Tyr452 and Phe446 contributed favorably to a good accommodation of the Cantharidin-like inhibitors at the PP5 site, and the potentiality of the compounds is related to the coordination that they perform with the Mg2+ metals. These results have brought an understanding of how the inhibition mechanism in PP5 takes place, potentially allowing the planning of drugs for the treatment of cancer.
Descrição
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Resumen
Palavras-chave
Modelagem molecular, Proteína serina/treonina fosfatase 5 (PP5), Neoplasias, Cantaridina, Dinâmicas moleculares, Simulação híbrida QM/MM, Mecânica molecular (MM), Átomos em Moléculas, Molecular modeling, Serine/threonine protein phosphatases (PP5), Neoplasms, Cantharidin, Molecular dynamics, Hybrid QM/MM, Molecular Mechanics (MM), Atoms in Molecules (AIM)
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Citação
ASSIS, L. C. de. Estudos teóricos da PP5-Mg2+ como alvo promissor para o tratamento do câncer: uma abordagem de modelagem molecular. 2018. 91 p. Tese (Doutorado em Agroquímica)–Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2018.
