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Controle do erro tipo I em um experimento de microarrays com eucalipto
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Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho – Unesp
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Áreas Temáticas da Extenção
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Resumo
Experimentos com microarrays visam analisar milhares de testes de hipóteses simultâneos para diferentes variáveis-respostas na mesma estrutura de unidades experimentais.Diversos procedimentos têm sido adotados para o cálculo de níveis de significância corrigidos, para o controle da taxa de erro tipo I, sendo um dos principais a “False Discovery Rate” (Benjamini e Hochberg, 1995). No âmbito do projeto Genolyptus, que busca identificar aspectos da genômica funcional do eucalipto, foram realizados ensaios com 21413 sondas.Destas, 1113 não atendiam à pressuposição de normalidade, segundo o teste de ShapiroWilks, necessitando de uma transformação não linear de dados. A transformação de Box-Cox corrigiu o problema da não normalidade para 801 dessas sondas, tendo sido detectada significância nos níveis corrigidos pela FDR para o efeito de tratamento em 12 destas 801 análises. Para as demais sondas que não necessitaram de transformação de dados, 40 revelaram significância para o efeito de tratamento, perfazendo um total de 52 sondas a serem investigadas para os contrastes de maior interesse. O uso do procedimento FDR e a transformação Box-Cox mostraram-se úteis em reduzir o número de ocorrência de resultados falsos positivos, tornando possível montar estudos posteriores sobre o potencial de expressão diferencial.
Abstract
Microarray experiments deals with testing thousands of simultaneous hypotesys in the same experiment. To control experimentwise type one error rate many corrections on significance levels has been proposed, as is “False Discovery Rate” (Benjamini e Hochberg, 1995). In Genolyptus project, that aims for identifying aspects of the functional genomics of Eucalyptus, 21413 probes were tested in microarrays. Response from 1113 do not verify normality of residuals (according to Shapiro-Wilks test) and went on non-linear transformation to be analysed. Box-Cox corrected the problem for 801 of these probes and 12 out of it have shown significance for treatment effects. From the remaining probes that were not transformed, 40 has shown significance for treatment effects. Contrasts among five treatments for these 52 probes were investigated. FDR and Box-Cox transformation has shown usefull to reduce the number of treatments and made possible to devise further study on differential expression.
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PEREIRA, R. N.; BUENO FILHO, J. S. de S. Controle do erro tipo I em um experimento de microarrays com eucalipto. Revista Brasileira de Biometria, Jaboticabal, v. 27, n. 3, p. 350-359, jul./set. 2009.