Proposta de BLUP Genômico com efeitos aditivos e de dominância em ambiente R

Abstract

Recentemente, efeitos de dominância, têm sido incluídos na seleção genômica de várias espécies, sendo o método GBLUP-D o mais utilizado. Esse método consiste em substituir, no procedimento REML/BLUP, as matrizes de parentesco baseadas no pedigree pelas matrizes com base nos marcadores moleculares. Este método pode ser realizado por meio do software GVCBLUP ou por meio do pacote BGLR do software R, o qual se baseia em regressão bayesiana via Kernel de Reprodução do Espaço de Hilbert. Objetivou-se nesse trabalho avaliar a possibilidade e efetividade de implementação do GBLUP-D via a função lmekin implementada no pacote coxme do software R por meio da inclusão das matrizes de parentesco genômicos aditivo e de dominância. Assim, comparou-se, via análises de dados simulados, os resultados obtidos pela função lmekin com os obtidos pelo software GVCBLUP e pacote BGLR. Os resultados mostraram que os métodos GBLUP e GBLUP-D ajustados via REML no software GVCBLUP e por meio da função lmekin são equivalentes. Assim, a função lmekin é uma alternativa eficiente para o ajuste, no software R, de modelos genômicos contemplando efeitos aditivos e de dominância.

ABSTRACT: Recently, the dominance effects have been included in genomic selection of various species, being the GBLUP-D method the most widely used. This method consists in replacing, in the REML/BLUP procedure, the pedigree-based relationship matrices by marker-based relationship matrices. This method can be performed by means of GVCBLUP software or through R-package BGLR, which is based on Bayesian regression via Reproducing Kernel Hilbert Spaces – RKHS. In addition to these programs, we proposed the lmekin function implemented in the coxme package of R, which also allows the inclusion of additive and dominance genomic relationship matrices. In this context, we aimed to compare, via simulated data, the results from lmekin function with those from GVCBLUP software and BGLR. The results showed that the GBLUP and GBLUP-D methods fitted via REML in the GVCBLUP software and by means of the lmekin function are equivalent. The lmekin function is an efficient alternative for fitting genomic models with additive and dominance effects.