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Métodos de extração de DNA e seleção de primers de cpDNA para Ficus bonijesulapensis (Moraceae)
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Resumo
As relações filogenéticas, quando associadas às distribuições geográficas (filogeografia), contribuem para o entendimento dos processos de diversificação e permitem testar as hipóteses da história biogeográfica das espécies. Esta pesquisa teve como objetivo selecionar métodos de extração de DNA para a sua amplificação e testar primers de DNA cloroplastidial (cpDNA), visando a inferência filogeográfica de Ficus bonijesulapensis. A análise comparativa dos métodos de extração baseou-se no protocolo de CTAB e no protocolo de Moog e Bond. Após a extração, o DNA foi amplificado pela reação em cadeia da polimerase (PCR), utilizando pares de primers universais para amplificação das sequências específicas do cpDNA. Os produtos da PCR foram separados por eletroforese em géis de agarose, corados com brometo de etídio, visualizados em luz ultravioleta e fotografados. O método de extração de Moog e Bond mostrou-se mais eficiente na amplificação do DNA. Este método será utilizado no estudo filogeográfico por ser um método de extração de DNA de alta qualidade, além de econômico, prático e rápido, comparado ao método CTAB. Os primers de cpDNA testados que apresentaram melhor desempenho na amplificação foram HA, SG, BF, Q16, F32, FV, DT, CS e JA. O método de extração e os primers selecionados irão subsidiar o estudo filogeográfico, importante para identificar os centros de diversidade genética e indicar áreas prioritárias para a conservação da espécie.
Abstract
Phylogeography has become a powerful approach for elucidating contemporary geographical patterns of evolutionary subdivision within species and species complexes. The aim of this paper was to evalu-ate the extracted quality of DNA and amplification of noncoding chloroplast DNA for phylogeography studies in Ficus bonijesulapens. The comparative analysis of protocol DNA extraction was based in the CTAB method and protocol from Mogg and Bond. DNA samples were assessed for successful PCR amplification of universal primers for the amplification of noncoding regions of cpDNA. Amplified DNA was separated by electrophore-sis, stained with ethidium bromide and photographed under UV light. The protocol Moog e Bond produced the best DNA quality. This method will be used because it produces a high quality DNA in a short time and is less expensive. The primers HA, SG, BF, Q16, F32, FV, DT, CS and JA provided the strongest support for the in-ferred phylogeography, genetic diversity centers and for successful management in tree-conservation pro-grammes.
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VIEIRA, F. de A. et al. Métodos de extração de DNA e seleção de primers de cpDNA para Ficus bonijesulapensis (Moraceae). Revista Caatinga, Mossoró, v. 23, n. 4, p. 69-74, out./dez. 2010.