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http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/59309| Título: | Transformada de wavelet discreta não decimada para o agrupamento de genomas de vírus das famílias coronaviridae e paramyxoviridae |
| Título(s) alternativo(s): | Undecimated discrete wavelet transform for the clustering of virus genomes of the coronaviridae and paramyxoviridae families |
| Autor : | Ernesto, Dulcídia Carlos Guezimane |
| Lattes: | https://lattes.cnpq.br/3800458908284696 |
| Primeiro orientador: | Sáfadi, Thelma |
| Primeiro coorientador: | Ferreira, Leila Maria |
| Primeiro membro da banca: | Guimarães, Paulo Henrique Sales |
| Segundo membro da banca: | Alencar, Airlane Pereira |
| Terceiro membro da banca: | Herval , Ana Paula Festucci de |
| Palavras-chave: | Transformada de Wavelet Genomas virais Agrupamento de dados Coronaviridae Paramyxoviridae Vírus Análise de dados genômicos Viroses respiratórias Wavelet Transform Viral Genomes Data Clustering Viruses Genomic data analysis |
| Data da defesa: | 18-Dez-2023 |
| Data da publicação: | 31-Ago-2023 |
| Agência(s) de fomento: | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal do Nível Superior (CAPES) |
| Referência: | ERNESTO, Dulcídia Carlos Guezimane. Transformada de wavelet discreta não decimada para o agrupamento de genomas de vírus das famílias coronaviridae e paramyxoviridae. 2024. 111p. Tese (Doutorado em Estatística e Experimentação Agropecuária) - Universidade Federal de Lavras, 2023. |
| Resumo: | Este trabalho teve por objetivo a implementação de duas formas de análise de similaridades de sequenciamentos de duas famílias de vírus, sob o domínio das wavelets. As wavelets são costumeiramente utilizadas quando se trabalha com uma extensa base de dados não estacionária. A técnica da transformada de wavelet trabalha com dados em tempo real, e permite que a série temporal possa ser decomposta em níveis, permitindo deste modo que a cada nível de decomposição seja possível se ampliar o nível de detalhe da série, e assim se observar detalhes omissos, que não se podem observar na série original. Após a decomposição do conteúdo GC de cada um dos sequenciamentos em estudo, duas formas distintas de agrupamento foram implementadas de modo a verificar, os sequenciamentos com algum nível de similaridade. Fez-se a análise de agrupamento com recurso à regressão penalizada no domínio das penalizações lasso, ridge e elastic net, e por outro lado, recorreu-se também ao expoente de Hurst implementado por meio de 5 técnicas diferentes nomeadamente: método peng, análise R/S, variância agregada, variância agregada diferenciada e pelo método dos momentos absolutos. Ao fim do estudo pode-se concluir que variantes mais fracas da família Coronaviridae é que se associam as estirpes da família Paramyxoviridae. E por outro lado, o elastic net (do 1º ao 3º nível), o método dos momentos absolutos e o método de variância agregada diferenciada, tiveram melhor desempenho em relação as demais metodologias. |
| Abstract: | This work aimed to implement two forms of analysis of sequence similarities of two virus families, under the wavelet domain. Wavelets are commonly used when working with an extensive non-stationary database. The wavelet transform technique works with data in real time, and allows the time series to be decomposed into levels, thus allowing at each level of decomposition to increase the level of detail in the series, and thus observe details omissions, which cannot be observed in the original series. After decomposing the GC content of each of the sequences under study, two different forms of grouping were implemented in order to verify sequences with some level of similarity. Cluster analysis was carried out using penalized regression in the domain of lasso, ridge and elastic net penalties, and on the other hand, we also used the Hurst exponent implemented through 5 different techniques, namely: peng method, R analysis /S, aggregate variance, differentiated aggregate variance and by the method of absolute moments. At the end of the study, it can be concluded that weaker variants of the Coronaviridae family are associated with strains of the Paramyxoviridae family. And on the other hand, the elastic net (from the 1st to the 3rd level), the absolute moments method and the differentiated aggregate variance method performed better in relation to the other methodologies. |
| URI: | http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/59309 |
| Publicador: | Universidade Federal de Lavras |
| Idioma: | por |
| Aparece nas coleções: | DAE - Administração - Mestrado (Dissertações) |
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