tese
Citogenética de espécies de Brachiaria: contribuições para a construção de mapas físicos
Carregando...
Notas
Data
Autores
Orientadores
Editores
Coorientadores
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Editor
Universidade Federal de Lavras
Faculdade, Instituto ou Escola
Departamento
Departamento de Biologia
Programa de Pós-Graduação
Programa de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento de Plantas
Agência de fomento
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Tipo de impacto
Áreas Temáticas da Extensão
Objetivos de Desenvolvimento Sustentável
Dados abertos
Resumo
Brachiaria spp. (Poaceae) agrega espécies de interesse forrageiro.
Análises citogenéticas mostram diferentes níveis de ploidia e variabilidade
intraespecífica para a morfologia cromossômica e para o número de sítios de
DNAr. Sequências de DNA repetitivo têm sido amplamente utilizadas em
análises citogenéticas, contudo o uso de sequências de genes de cópia única/
baixo número de cópias é pouco explorado, provavelmente pelo fato de o gênero
não possuir espécie modelo de genoma sequenciado. O estudo das sequências
que compõem o centrômero em cromossomos de Brachiaria spp., assim como
detalhamento do cariótipo com localização de sequências específicas em
Brachiaria decumbens são inexistentes. Em outras espécies do gênero as
informações por vezes são divergentes. Nesse sentido, este trabalho teve como
objetivo contribuir para a construção de mapas físicos dos cromossomos de
Brachiaria brizantha, B. decumbens e Brachiaria ruziziensis com a localização
de sequências repetitivas de DNAr 5S e 45S, Retrotransposons Centroméricos
(CR), além de bandas CMA/DAPI. Genes de cópia única/baixo número de
cópias também foram localizadas nos pares cromossômicos utilizando-se dados
de RNAseq e de sequenciamento de Setaria italica e Sorghum bicolor por meio
da técnica de FISH. A avaliação da atividade transcricional das Regiões
Organizadoras de Nucléolo (RONs) foi também avaliada. Com o detalhamento
do cariograma das três espécies foi possível a identificação de pares
cromossômicos, incluindo a observação de pares heteromórficos, além de
diferenças intra e interespecíficas quanto ao número e tamanho dos sítios de
DNA ribossomais. O cariótipo das espécies avaliadas foi considerado simétrico.
A atividade transcricional das RONs é variável e foram detectados um ou dois
nucléolos heteromórficos. Alguns dos genes de cópia única/baixo número de
cópias estavam em sintenia com sítios de genes ribossomais, o que foi
fundamental para a identificação dos pares cromossômicos portadores de alguns
dos referidos genes. Em Brachiaria spp., foram observados alguns cromossomos
com segmentos de estrutura conservada. Possíveis quebras cromossômicas
fizeram parte do processo de diversificação das espécies no gênero. O uso de
dados de sequenciamento genômico foi de fundamental importância para o
enriquecimento de análises citogenéticas.
Abstract
Brachiaria spp. (Poaceae) are forage species. Cytogenetic analyses
exhibit different ploidy levels and intra-specific variability related to
chromosome morphology, and to the number and position of rDNA sites.
Repetitive DNA sequences have been widely used in cytogenetic analyses,
however the use of single copy genes or low copy number sequences is poorly
explored, likely because no Brachiaria genome has been sequenced. Studies of
centromeric sequences in Brachiaria spp. chromosomes, as well as karyotypes
detailing the location of specific sequences in Brachiaria decumbens are
nonexistent. Regarding other species of the genus, data are sometimes
conflicting. Therefore, this study aims to characterize the karyotype of
Brachiaria brizantha, Brachiaria decumbens and Brachiaria ruziziensis with the
location of repetitive sequences of 5S and 45S rDNA, Centromeric
Retrotransposons (CR), CMA/DAPI bands, and single copy genes/low copy
number sequences in the chromosome pairs. Useful loci were obtained from
RNAseq and sequencing data of Setaria italica and Sorghum bicolor, and the
useful loci were used in FISH, and also to assess the transcriptional activity of
the nucleolar organizing regions (NORs) in Brachiaria species. Karyograms
were detailed, heteromorphic chromosome pairs were identified, and
intraspecific and interspecific differences in the number and size of ribosomal
DNA sites were detected. The karyograms of the three analyzed species are
considered to be symmetric. The transcriptional activity of NORs is variable,
and one or two heteromorphic nucleoli were detected. Some of the single copy
gene/low copy number sequences are in synteny with ribosomal genes sites,
which is important to identify some chromosomes. In Brachiaria spp.,
conserved structure of chromosomes segments is observed. Possible
chromosomal breaks that took place during the species diversification process in
the genus are identified. The use of genomic sequencing data had great
importance for the enrichment of cytogenetic analyses.
Descrição
Área de concentração
Linha de pesquisa
Agência de desenvolvimento
Palavra chave
Marca
Objetivo
Procedência
Impacto da pesquisa
Resumen
Palavras-chave
ISBN
DOI
Citação
NANI, T. F. Citogenética de espécies de Brachiaria: Contribuições para a construção de mapas físicos. 2015. 124 p. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2015.