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Taxonomic studies of strains of Xanthomonas spp. in Toona ciliata and Cichorium intybus
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Universidade Federal de Lavras
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Escola de Ciências Agrárias de Lavras ( ESAL)
Departamento
Departamento de Fitopatologia
Programa de Pós-Graduação
Departamento de Fitopatologia
Agência de fomento
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPQ)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPQ)
Tipo de impacto
Áreas Temáticas da Extenção
Objetivos de Desenvolvimento Sustentável
Dados abertos
Resumo
O presente estudo foi realizado com o objetivo de isolar e identificar o agente etiológico de duas diferentes doenças foliares em cedro australiano (Toona ciliata var. australis) no Brasil e em radicchio (Cichorium intybus) nos Estados Unidos. Os postulados de Koch foram completados para ambos os hospedeiros. Os isolados bacterianos foram submetidos a testes bioquímicos, moleculares (Multilocus Sequence Typing - MLST) e à análise de perfis de ácidos graxos. Vinte e cinco isolados bacterianos patogênicos à T. ciliata e nove patogênicos à C. intybus tiveram fragmentos dos genes dnaK, fuyA, gyrB, rpoD sequenciados, juntamente com 31 patovares de Xanthomonas axonopodis. Utilizaram-se os primers XdnaK1F/XdnaK1R, XfuyA1F/XfuyA1R, XgyrB1F/XgyrB1R e XrpoD1F/ XrpoD1R para amplificação dos fragmentos que foram sequenciados, preparados e analisados com o uso do Programa CLC Main Workbench 6.5. O padrão de bandas dos isolados e daqueles com maior identidade verificada por análises de MLST foram comparados por Rep-PCR, utilizando o primer BOX1R. Primers B162, também, foram utilizados para amplificação dos fragmentos genômicos dos isolados patogênicos às plantas de radicchio. Não houve variabilidade entre os isolados bacterianos dentro de cada grupo. Isolados patogênicos à Toona ciliata incorporaram ao grupo 9.6 de Xanthomonas axonopodis previamente descrito na literatura e àqueles patogênicos à C. intybus agruparam com Xanthomonas hortorum. Ambos patógenos podem representar um novo patovar dentro de cada espécie. Dados de ácidos graxos, Rep-PCR e B162-PCR suportam os resultados.
This study was conducted in order to isolate and identify the etiological agent of two different leaf diseases occurring in Australian cedar (Toona ciliata var. australis) in Brazil and radicchio (Cichorium intybus) in the United States. Koch's postulates were completed for both hosts. The bacterial isolates were subjected to biochemical, molecular (Multilocus Sequence Typing - MLST) tests and analysis of fatty acid profiles. Twenty-five bacterial isolates pathogenic to T. ciliata and nine bacterial isolates pathogenic to C. intybus had the genomic fragments, dnaK, fyuA, gyrB, and rpoD sequenced along with 31 pathovars of Xanthomonas axonopodis. The primers XdnaK1F/XdnaK1R, XfuyA1F/ XfuyA1R, XgyrB1F/XgyrB1R, and XrpoD1F/XrpoD1R were used for amplification of fragments that were sequenced, prepared and analyzed using CLC Main Workbench Program 6.5. The banding pattern isolates and those with the highest identity verified by analysis of MLST were compared by Rep-PCR using the primer BOX1R. B162 primers also were used for amplification of genomic fragments of the isolated pathogens of plants of radicchio. There was no variability among bacterial isolates within each group. Pathogenic isolates of Toona ciliata incorporated the group 9.6 of Xanthomonas axonopodis previously described in the literature and those pathogenic to C. intybus clustered with Xanthomonas hortorum. Both pathogens may represent a new pathovar within each species. Fatty acids, Rep-PCR and PCR-B162 data support the results.
This study was conducted in order to isolate and identify the etiological agent of two different leaf diseases occurring in Australian cedar (Toona ciliata var. australis) in Brazil and radicchio (Cichorium intybus) in the United States. Koch's postulates were completed for both hosts. The bacterial isolates were subjected to biochemical, molecular (Multilocus Sequence Typing - MLST) tests and analysis of fatty acid profiles. Twenty-five bacterial isolates pathogenic to T. ciliata and nine bacterial isolates pathogenic to C. intybus had the genomic fragments, dnaK, fyuA, gyrB, and rpoD sequenced along with 31 pathovars of Xanthomonas axonopodis. The primers XdnaK1F/XdnaK1R, XfuyA1F/ XfuyA1R, XgyrB1F/XgyrB1R, and XrpoD1F/XrpoD1R were used for amplification of fragments that were sequenced, prepared and analyzed using CLC Main Workbench Program 6.5. The banding pattern isolates and those with the highest identity verified by analysis of MLST were compared by Rep-PCR using the primer BOX1R. B162 primers also were used for amplification of genomic fragments of the isolated pathogens of plants of radicchio. There was no variability among bacterial isolates within each group. Pathogenic isolates of Toona ciliata incorporated the group 9.6 of Xanthomonas axonopodis previously described in the literature and those pathogenic to C. intybus clustered with Xanthomonas hortorum. Both pathogens may represent a new pathovar within each species. Fatty acids, Rep-PCR and PCR-B162 data support the results.
Abstract
Descrição
Tese apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Agronomia/Fitopatologia, área de concentração em Fitopatologia, para a obtenção do título de Doutora.
Área de concentração
Fitopatologia
Agência de desenvolvimento
Palavra chave
Marca
Objetivo
Procedência
Impacto da pesquisa
Resumen
ISBN
DOI
Citação
ZACARONI, A. B. Taxonomic studies of strains of Xanthomonas spp. in Toona ciliata and Cichorium intybus. 2012. 81 p. Tese (Doutorado em Fitopatologia) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2012.