dissertação
Métodos estatísticos na análise de dados de PCR em tempo real
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Universidade Federal de Lavras
Faculdade, Instituto ou Escola
Departamento
Departamento de Ciências Exatas
Programa de Pós-Graduação
Programa de Pós-Graduação em Estatística e Experimentação Agropecuária
Agência de fomento
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Tipo de impacto
Áreas Temáticas da Extenção
Objetivos de Desenvolvimento Sustentável
Dados abertos
Resumo
A qPCR é uma técnica amplamente utilizada em experimentos de quantificação da expressão
gênica. No entanto, considerações estatísticas como testes de significância, valores-p e intervalos de confiança não são utilizados em muitos trabalhos que envolvem a técnica de qPCR.
Assim, pesquisadores que não realizam a análise estatística de forma adequada podem obter
inferências equivocadas. O objetivo deste trabalho é apresentar e comparar diferentes métodos
de análise de dados de expressão gênica, obtidos utilizando-se a técnica de qPCR. Nesta comparação foram utilizados dados de um experimento para avaliar a expressão gênica em mudas
de café (Coffea arabica) obtidas em diferentes condições de estresse hídrico. Os métodos aplicados e comparados foram: modelo de eficiência calibrada, método C
q
comparativo, análise de
variância considerando modelos fixos e mistos. Para fins de comparação, para cada método, foram obtidos os valores referentes às razões da expressão relativa e seus respectivos intervalos de
confiança a 95%. As análises foram realizadas utilizando os softwares R e SAS. Os resultados
indicaram que os valores obtidos para a razão utilizando os métodos C
q
comparativo, modelo
de eficiência calibrada, modelos fixo e misto, foram em geral similares. Os resultados obtidos
considerando o modelo misto foram melhores por apresentar, na maioria dos casos, intervalos de confiança com menores amplitudes e, consequentemente, maior precisão nas inferências
realizadas.
Abstract
The qPCR is a widely technique used in the experiments related to gene expression quantification. However, in several cases, statistical formalism like significance tests, p-value and
confidence intervals are not used in the data analysis from experiments which involve the qPCR
technique. Thus, lack of statistical formalism leads to invalid inferences. The purpose of this
work is to present and to compare different methods to analyse gene expression data obtained
by using the qPCR. Data from an experiment with coffe plants under water-deficit conditions
were used to evaluate the methods. The methods which were evaluate in this study were: efficiency calibrated model, comparative C
q
method, analysis of variance considering fixed and
mixed models. The ratios, which represent the relative expressions, with the respective confidence intervals were obtained and used to compare different methods. The analyses had been
done using the softwares R and SAS. The results indicated that the ratio values obtained by the
comparative Cq method, efficiency calibrated model, fixed and mixed models are close. However, the best results were obtained using the mixed models, because the width of de confidence
intervals were the smallest. Thus, the precision of the estimated effects was better than the
estimates obtained by the other methods.
Descrição
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Agência de desenvolvimento
Palavra chave
Marca
Objetivo
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SILVA, A. R. Métodos estatísticos na análise de dados de PCR em tempo real. 2017. 78 p. Dissertação (Mestrado em Estatística e Experimentação Agropecuária)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2017.