dissertação
Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA
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Universidade Federal de Lavras
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Programa de Pós-Graduação em Estatística e Experimentação Agropecuária
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Tipo de impacto
Áreas Temáticas da Extenção
Objetivos de Desenvolvimento Sustentável
Dados abertos
Resumo
A teoria das Cadeias de Markov com estados latentes, HMM's (hidden markov
models\ é aplicada ao problema de discriminação de regiões homogêneas em
seqüências de DNA. Uma abordagem didática é apresentada e os métodos de
uma extensão do modelo são deduzidos. O algoritmo EM (ExpectationMaximization) é utilizado para obtenção de estimativas de máxima
verossimilhança. Um software específico foi desenvolvido e aplicado na
seqüência de DNA completa do vírus bacteriófago lambda, e em fragmentos do
genoma das bactérias Xylella fastidiosa, Escherichia coli, Streptococcus
pneumoniae, Xanthomonas axonopodis pv. citri. Os resultados obtidos são
comparados com os trabalhos de Churchill (1989) e da Silva(2003).
Abstract
Hidden Markov models (HMM's) are applied to locate segments with
homogeneous C+G proportions (DNA sequence segmentation). The HMM's are
showed in a didactic way and the methods ofan extended model are obtained.
The isMalgorithm is used to obtain maximum-likehood estimators ofHMM's. A
software that implement some HMMs methods was developed and applied to
sequences fragments from Xylella fastidiosa, Escherichia coli, Streptococcus
pneumoniae, Xanthomonas axonopodis pv. citri, and the complete genome of
bacteriophage lambda. The results are discussed and compared with the research
ofChurchill (1989) and da Silva (2003).
Descrição
Esta dissertação/tese está disponível online com base na Resolução CEPE nº 090, de 24 de março de 2015, disponível em http://www.biblioteca.ufla.br/wordpress/wp-content/uploads/res090-2015.pdf, que dispõe sobre a disponibilização da coleção retrospectiva de teses e dissertações online no Repositório Institucional da UFLA, sem autorização prévia dos autores. Parágrafo Único. Caberá ao autor ou orientador a solicitação de restrição quanto à divulgação de teses e dissertações com pedidos de patente ou qualquer embargo similar. Art. 5º A obra depositada no RIUFLA que tenha direitos autorais externos à Universidade Federal de Lavras poderá ser removida mediante solicitação por escrito, exclusivamente do autor, encaminhada à Comissão Técnica da Biblioteca Universitária./ Arquivo gerado por meio da digitalização de material impresso. Alguns caracteres podem ter sido reconhecidos erroneamente.
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Citação
OLIVEIRA, D. C. de. Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA. 2005. 180 p. Dissertação (Mestrado em Estatística e Experimentação Agropecuária) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2005.