dissertação
Eficiência de um novo método de identificação de QTLs sob altos níveis de perdas de marcadores
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Editor
UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS
Faculdade, Instituto ou Escola
Departamento
Programa de Pós-Graduação
DEX - Departamento de Ciências Exatas
Agência de fomento
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
Tipo de impacto
Áreas Temáticas da Extenção
Objetivos de Desenvolvimento Sustentável
Dados abertos
Resumo
Em diversas espécies, o baixo nível de polimorfismo impede a construção
de mapas de ligação que possam ser usados na identificação de QTLs no genoma.
Objetivou-se neste trabalho comparar dois métodos de identificação de
QTLs que não requerem mapas de ligação em estudos de associação. O Método
I é o da regressão bayesiana de múltiplos marcadores, originalmente proposto por
Xu (2003). O Método II consiste em uma adaptação do Método I e do método
de Wang et al. (2005), porém utilizando o conceito descrito por Doerge, Zeng e
Weir (1997). Nesse método, os marcadores não são regredidos diretamente sobre
o fenótipo, mas servem como pivôs para a busca do QTL ao longo do genoma -
se tem, então, um mapeamento de múltiplos QTLs. Para verificar a efetividade
do método, realizou-se simulação de 300 indivíduos pertencentes à população F2,
com dois níveis de perdas de marcadores (20% e 80%), em um total de 165 marcadores,
distribuídos em 11 cromossomos. Ao longo desses cromossomos, sete
QTLs foram simulados. Foi analisado, também, um exemplo com dados reais envolvendo
186 progênies F2:4 de feijão, com 59 marcadores, sendo 17 SSRs, 31
AFLPs e 11 SRAPs. No estudo de simulação, o Método II foi melhor que o Método
I em ambos os níveis de perda de marcadores. Nos dados reais, o Método II
detectou 17 marcadores promissores enquanto o Método I não detectou nenhum. O
Método II mostrou maior poder de detecção e pode ser recomendado para estudos
posteriores com dados reais e com outros delineamentos de cruzamento.
In several species, a low level of polymorphism prevents the construction of linkage maps that can be used in the identification of QTLs in the genome. The objective of this study is to compare two methods of identifying QTLs that don’t require genetic maps in association studies. The Method I is the multiple-markers Bayesian regression, originally proposed by Xu (2003). The Method II consists of an adaptation of the Method I and method ofWang et al. (2005), but using the concept described by Doerge, Zeng and Weir (1997). In this method, the markers are not directly regressed on phenotype, but serve as pivots for the search of the QTL along the genome - then it has multiple QTL mapping. To verify the effectiveness of the method, a simulation was carried out with 300 individuals belonging to the F2 population in two levels of markers loss (20% and 80%) from a total of 165 markers, divided into 11 chromosomes. Throughout these chromosomes, seven QTLs were simulated. It was also considered an example with real data involving 186 F2:4 progenies of beans with 59 markers, 17 SSRs, 31 AFLPs and 11 SRAPs. In the simulation’s study, the Method II was better than the Method I in both levels of markers loss. In real data, the Method II detected 17 promising markers while the Method I didn’t detect any. The Method II showed greater power to detect and it can be recommended for further studies with actual data and other designs crossover and genome wide.
In several species, a low level of polymorphism prevents the construction of linkage maps that can be used in the identification of QTLs in the genome. The objective of this study is to compare two methods of identifying QTLs that don’t require genetic maps in association studies. The Method I is the multiple-markers Bayesian regression, originally proposed by Xu (2003). The Method II consists of an adaptation of the Method I and method ofWang et al. (2005), but using the concept described by Doerge, Zeng and Weir (1997). In this method, the markers are not directly regressed on phenotype, but serve as pivots for the search of the QTL along the genome - then it has multiple QTL mapping. To verify the effectiveness of the method, a simulation was carried out with 300 individuals belonging to the F2 population in two levels of markers loss (20% and 80%) from a total of 165 markers, divided into 11 chromosomes. Throughout these chromosomes, seven QTLs were simulated. It was also considered an example with real data involving 186 F2:4 progenies of beans with 59 markers, 17 SSRs, 31 AFLPs and 11 SRAPs. In the simulation’s study, the Method II was better than the Method I in both levels of markers loss. In real data, the Method II detected 17 promising markers while the Method I didn’t detect any. The Method II showed greater power to detect and it can be recommended for further studies with actual data and other designs crossover and genome wide.
Abstract
Descrição
Dissertação apresentada à Universidade
Federal de Lavras, como parte das exigências
do Programa de Pós-Graduação
em Estatística e Experimentação Agropecuária,
área de concentração em Estatística
e Experimentação Agropecuária,
para a obtenção do título de Mestre.
Área de concentração
Estatística e Experimentação Agropecuária
Agência de desenvolvimento
Palavra chave
Marca
Objetivo
Procedência
Impacto da pesquisa
Resumen
ISBN
DOI
Citação
PAMPLONA, A. K. A. Eficiência de um novo método de identificação de QTLs sob altos níveis de perdas de marcadores. 2014. 112 p. Dissertação (Mestrado em Estatística e Experimentação Agropecuária) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2014.