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Alinhamento múltiplo global de seqüências pela representação de profile e clusterização: comparação com os resultados do clustalw (embl-ebi)
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Resumo
O avanço da biologia, sobretudo no contexto de bioinformática, aliado à necessidade de sistemas específicos, tanto para fins de estudo quanto de utilização prática, gerou uma necessidade de elaboração e desenvolvimento de softwares e equipamentos para trabalhar com grande massa de dados. Para isto, há uma necessidade de se obter um conhecimento dos métodos utilizados no alinhamento de seqüências, o que possibilita o desenvolvimento de novos métodos e teorias mesclando com os já existentes na literatura. Neste trabalho estudamos os vários métodos utilizados no alinhamento de seqüências em geral e, verificamos o mais apropriado para o tratamento de alinhamento múltiplo global de seqüências. Implementamos este alinhamento e comparamos o resultado obtido com o fornecido pela ferramenta ClustalW (http://www.ebi.ac.uk/clustalW). A implementação em paralela do método usado é necessária para tratar seqüências de escalas práticas.
Abstract
The progress of the biology, mainly in the context of bioinformatics, in addition to requirements of specific systems, with the purpose of studying as well as practical use, raises the development of softwares and hardware to deal with huge amount of data. To this end, it is essential the knowledge of methods used in sequence aligment, what allows the development of new methods and theories mixing with the existent ones. In this work, we study the several methods used in sequence alignment in general and, verify the more appropriate to deal with global multiple sequences alignment. We implement this method and compared the result obtained with the one provided by the ClustalW tool (http://www.ebi.ac.uk/clustalW). The parallel implementation of the method used is required to deal with practical sequences.
Descrição
Área de concentração
Biologia, otimização, engenharia de software
Agência de desenvolvimento
Palavra chave
Marca
Objetivo
Procedência
Impacto da pesquisa
Resumen
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Citação
SILVA, M. T. N. Alinhamento múltiplo global de seqüências pela representação de profile e clusterização: comparação com os resultados do clustalw (embl-ebi). 2006. 56 p. Monografia (Graduação em Ciência da Computação) – Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2006.