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Title: Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA
Other Titles: Hidden Markov Chain with applicatíon in DNA sequence analysi
Authors: Chaves, Lucas Monteiro
Silva, Cibele Queiroz da
Sáfedi, Thelma
Keywords: Modelo de Markov
Análise sequencial
Estatística
Biologia molecular
Issue Date: 18-Dec-2017
Publisher: Universidade Federal de Lavras
Citation: OLIVEIRA, D. C. de. Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA. 2005. 180 p. Dissertação (Mestrado em Estatística e Experimentação Agropecuária) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2005.
Abstract: Hidden Markov models (HMM's) are applied to locate segments with homogeneous C+G proportions (DNA sequence segmentation). The HMM's are showed in a didactic way and the methods ofan extended model are obtained. The isMalgorithm is used to obtain maximum-likehood estimators ofHMM's. A software that implement some HMMs methods was developed and applied to sequences fragments from Xylella fastidiosa, Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae, Xanthomonas axonopodis pv. citri, and the complete genome of bacteriophage lambda. The results are discussed and compared with the research ofChurchill (1989) and da Silva (2003).
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URI: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/28287
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